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子囊菌亚门 单细胞（少数）或发达的有隔菌丝
分生孢子 异型配子囊配合或精子配合产生内生的子囊孢子
担子菌亚门 发达的有隔菌丝 很少产生无性孢子 菌丝联合或精子配合产生外生的担孢子
半知菌亚门 发达的有隔菌丝 分生孢子 缺有性生殖
1。 鞭毛菌亚门
菌丝体多核、无隔膜，但在产生繁殖体或性器官时或菌丝受到损伤时，可以产生隔膜。菌丝体不形成菌组织，也不产生菌核等变态机构。细胞壁由纤维素组成。无性繁殖产生游动孢子囊，内生游动孢子在一端或腰部形成一或二根鞭毛，以适应其在水中游动。高等鞭毛菌可以产生分生孢子性状的孢子囊，直接以芽管萌发而产生游动孢子。有性繁殖中小型的雄器和大型的藏卵器相结合，产生卵孢子。重要的属有：
（1）腐霉属（Pythium） 营养体为发达、无隔、有分枝的菌丝体，呈白色絮状。无性繁殖产生球形、柠檬形、姜瓣形的孢子囊，成熟后一般不从孢子梗上脱落。孢子囊萌发时产生排孢管，顶端膨大成泡囊。孢子囊的内含物从排孢管进入泡囊内形成游动孢子。游动孢肾形，具有两根鞭毛，能在水中游动。藏卵器圆形，单卵球，每一个藏器内只形成一个卵孢子。重要的病原菌有蔬菜幼苗猝倒病病菌（Pythium aphanidermatum）。
（2）抑霉属（Phytophthora） 营养体为无隔菌丝体，蔓延于寄主的细胞间隙，部分寄主性较强的真菌，产生吸器从寄主细胞内吸收养分。孢囊梗分化不明显或与菌丝有明显区别，不分枝或分枝，孢子囊柠檬形或卵形，顶端有乳头状突起，萌发时产生游动孢子或直接萌发产生芽管。孢子囊成熟后脱落。游动孢子肾形，有两根鞭毛，可在水中游动。藏卵器圆形，单卵球，形成一个卵孢子。主要病原菌有马铃薯晚疫病（Phytophthora infestans），黄瓜疫病菌（P？melonis），茄子绵疫病菌（P？melongenae）等。
（3）假双霉属（Pseudoperonospora） 以无隔菌丝蔓延于寄生主细胞间隙，产生吸器伸入寄主细胞吸收营养。无性繁殖产生孢子囊，孢囊梗从气孔伸出，单生或丛生，分枝不对称，顶端尖锐。孢子囊椭圆形，褐色，顶端有乳头状突起，孢子囊萌发产生游动孢子，有两根鞭毛。孢子囊亦可直接萌发产生芽管。有性繁殖产生卵孢子。卵孢子球形，黄褐色，表面光滑或有突起。重要的病原菌有黄瓜霜霉病菌（Pseudoperonospora cubensis）。
此外，霜霉属（Peronospora）、直梗霉属（Plasmopara）、直梗霉属（Sclerospora）、盘梗霉属（Bremia）等霜霉菌都是专性寄生菌，可引起多种植物霜霉病，如十字花科植物霜霉病菌（Peronospora parsitica），葡萄霜霉病菌（Plasmopara viticoia），谷子白发病菌（Sclerospora graminicola），莴苣霜霉病菌（Bremia lactuca）。
2。 接合菌亚门
营养体为无隔菌丝体，无性繁殖在孢子囊内形成孢囊孢子，不能游动，有性生殖由两个同型配子囊配合形成接合孢子。全部陆生，大部分为腐生菌，仅一小部分是非专性寄生的弱寄生菌。重要病原菌有南瓜软腐病菌（Phizopus nigricans）。
3。 子囊菌亚门
本亚门真菌营养体除酵母菌是单细胞外，其它均为有隔、分枝的菌丝体，有的菌丝体聚集成菌核、麦角等变态结构。无性繁殖非常发达，形成各种形态的分生孢子。有性生殖产生囊孢子，子囊孢子产生于子囊内。子囊少数裸生，大多数形成于各种形态的子囊果内（球状、瓶状、头状、盘状等），子囊果有孔口的称为子囊壳，无孔口的称为笔囊壳，盘状的称为子囊盘。
子囊菌均为陆生，除白粉菌为专性寄生菌外，其它均为非专性寄生菌，有些能营腐生生活。主要有；
（1）单丝壳属（Sphaerotheca） 菌丝体表生，以吸器伸入寄主表皮细胞内吸收营养。无性繁殖产生椭圆形单细胞无色、串生的分生孢子。子囊产于近球形的闭囊壳内，含一个子囊，子囊内含8个（偶而4个）卵形单胞无色的子囊孢子。囊壳上的附属丝为丝状，不分枝或稍有分枝。重要的病原菌有瓜类白粉病（Sphaerothca fuliginea）。
（2）白粉菌属（Erysiphe） 菌丝表生，以吸器伸入寄主的表皮细胞内吸取营养。无性繁殖产生分生孢子，分生孢子椭圆形，单胞，无色，串生。有性繁殖产生子囊孢子，着生于子囊内，子囊则产生于深褐色、球形或稍扁平的闭囊壳内，囊壳上的附属丝菌丝状，不分枝或稍有分枝。每个闭囊壳内含有内含多个子囊，每个子囊内有2~8个椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。重要的病原菌有小麦白粉病（Erysiphe graminis）等。
（3）球腔菌属（Mycosphaerella） 子囊壳黑色，球状或瓶状，有短乳头状孔口。无性阶段较复杂，可能分属于许多半知菌，如茎点霉属（Phona）、叶点霉属（Phyllosticta）、壳针孢属（Septoria）、壳二孢属（Ascochyta）、尾孢属（Cercospra）、梨孢霉属（Piricularia）等；而有性阶段均为球腔菌属。子囊圆柱形或倒棍棒形，初期束生于子囊壳内壁基部子囊孢子椭圆形，双胞大小相等。主要病原菌有瓜类蔓枯病菌（Mycosphaerella citullina）。
（4）黑腐皮壳属（Valsa） 菌丝体初无色，后呈橄榄色。无性繁殖形成长颈，孔口外露的分生孢子器，也可以几个相通的腔室共用一个孔口。内壁上的分生孢子梗可以在顶端连续产生香蕉形、单胞、无色的分生孢子。有性繁殖形成球形或近球形的子囊壳，其长颈露在树皮外，内生棒形或长椭圆形的子囊，子囊内含8个不规则排列形成两列的香蕉形、单胞、无色的子囊孢子。主要病原菌有苹果腐烂病菌（Valsa ｍali）。
（5）赤毒霉（Gibberella） 赤毒霉的的分生孢子阶段属于镰刀菌属，可产生具有3~5个隔膜的镰刀形的大型孢子和椭圆形或卵形、单胞的小型孢子。有性繁殖形成球形或圆锥形，有孔口的子囊壳，壳壁蓝色或紫色，单生或群生于瘤状或垫状的子座上或其四周。子囊倒棍棒形，内含8个排列成单行或双行的子囊孢子。子囊孢子纺锤形，无色，有2~4个隔膜。主要病原菌有玉蜀集黍赤霉属病菌（Gibberella zeae）。本菌寄主范围较广，可侵染小麦、大麦、燕麦、黑麦、玉米、水稻、甜菜、番茄、甘薯及多种禾本科杂草。
（6）黑星菌属（Venturia） 分生孢子梗无隔或有1~2个隔膜，顶端着生有单细胞或少数双胞的分生孢子。分生孢子纺锤形或瓜子形，初无色，后呈青褐色或红褐至褐色。子囊腔球形或近球形，青褐色、褐色至黑色，有呈乳头状突起的孔口，孔口四周有刚毛。内生长棍棒形或圆筒形的子囊。内含8个排列成两行的子囊孢子。子囊孢子双胞卵圆形，可上面的细胞较大，稍尖。重要的病原菌有苹果黑星病菌（Venturia inaequalis）。
（7）核盘菌属（Sclerotinia） 营养体为有隔多分枝的菌丝体，也可形成菌核。无性繁殖一般不产生孢子。偶而在养分不足条件下产生小型孢子，但在侵染循环中不起作用。在田间靠菌丝体传播蔓延。有性繁殖在菌核上产生子囊盘，子囊盘初为杯状，展开后呈盘状，基部有柄，形如喇叭。子囊盘表面由子囊及侧丝结成子实层。子囊棍棒形，内含8个排列成一行，椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。本菌寄主范围很广，可侵染160多种植物，如使字花科植物、大豆、向日葵、四季豆、黄瓜、马铃薯、胡萝卜、番茄、辣椒、甜菜、菠菜、芹菜、葱头、大麻等，但不侵染禾本科植物。
4。 担子菌亚门
担子菌是最高等的一类真菌，但与农作物有关的却是担子菌中较低等的，如黑粉菌和锈菌。担子菌的营养体是有隔菌丝体。菌丝体有两种类型，单核的初生菌丝和双核的次生菌丝。无性繁殖除黑粉菌芽生小孢子，锈菌产生双核的夏孢子起着分生孢子的作用外，一般不产生分生孢子。有性繁殖产生担子和担孢子。担子菌除锈菌外，一般没有特殊分化的性细胞或性器官，细胞结合方式大体上有两种情况：一种是双核化的菌丝顶端细胞膨大形成棍棒状的担子，在其中进行核配和减数分裂，生成担孢子。锈菌和黑粉菌属于后一种类型。担子菌中与农作物关系密切的有以上几属：
（1）黑粉菌属（Ustilago） 这是一个较大的属，近300个种。冬孢子分散，萌发时形成先菌丝和担孢子，其中也有少数不形成担孢子。全部黑粉菌都是植物寄生菌。据侵染部位一般分为幼苗侵染、花器侵染和植株侵染。多数禾本科黑粉菌是幼苗侵染，侵入寄主后，以菌丝体随着寄主的生长点发展。当菌丝体发展到一定的发展的发病部位或器官（如穗部）后，即大量分枝，隔膜增多，细胞膨大，胞壁变厚，最后断裂变圆，形成大量黑粉，即病菌的冬孢子。
有的黑粉菌，如玉米瘤黑粉病菌，侵染时菌丝体在寄主体内限于局部位，最后在侵染部位发病，产生冬孢子。黑粉菌中除玉米黑粉菌外，均无再侵染。
黑粉菌的冬孢子一般为圆形，单胞，深褐色或褐色，表面光滑或有细刺、突起或网状花纹。冬孢子萌发成四个细胞的先菌丝，每个细胞着生一个担孢子。四个担孢子两“＋”两“…” ，“＋”“…”两个担孢子或由它们的先菌丝交配后，产生双核菌丝侵入寄主。
（2）单胞锈菌属（Uromyces） 冬孢子堆产生于寄主表皮下，成熟后突或不突破表皮。冬孢子有柄，单胞，顶壁较厚，表面光滑，萌发时从冬孢子顶端形成先菌丝（担子）及小孢子（担孢子）。担孢子经过单主寄主后在寄主的上表皮下形成性孢子器，在下表皮下形成锈子腔，成熟后突破表皮散出球形、单胞的锈孢子。锈孢子侵入寄主后，在寄主上形成椭圆形或圆形、有柄、单胞、表面有细刺的夏孢子。重要病原菌有菜豆锈病菌（Uromyces appendiculatus）等。
（3）柄锈菌属（Puccinia） 冬孢子堆产生行寄主表皮下，成熟后突破表皮。冬孢子双胞，有柄、厚壁，深褐色，萌发时产生担子，在担子上产生四个担孢子。夏孢子初生于寄主表皮下，成熟后突破表皮而散出，夏孢子单生，单胞，圆形或椭圆形，表现有细刺。性孢子器球形，生于寄主右转主寄生。重要病原菌有小麦秆锈病菌（Puccinia granginis）。
5、半知菌亚门
真菌分类主要是根据有性阶段的形态特征进行的，而有一大群真菌没有有性阶段右有性阶段尚未被发现，暂时将它们归为一类，称为半知菌。一旦发现半知菌的有性阶段仍可按真菌分类原则归到适当的亚门中去。
半知菌都是非专性寄生菌。营养体为发达的菌丝体。无性繁殖产生各种类型的分生孢子梗及分生梗子。分生孢子有的裸生于寄主表面，有的生于球形的分生孢子器内，有的生于盘状的分生孢子盘上，有的只有菌丝而不产生孢子。根据无性繁殖的形态特征，大致分为四个类群，即丛梗孢菌、黑盘孢菌、球壳孢菌和无孢菌。半知菌每一类群中重要的有：
（1）尾孢属（Cercospora） 分生孢子梗丛生于寄主表面，黑褐色，不分枝，顶端着生分生孢子，分生孢子成熟后脱落，梗可继续生长，顶端又形成新的分生孢子，因此分生孢子梗常呈曲膝状。分生孢子多胞，线状，直或稍弯，无色或深色。重要病原菌有甜菜褐斑病菌（Cercospora beticola）。
（2）刺盘孢属（Colletotrichum） 分生孢子盘盘状或垫状，初埋生于寄主表皮下，成熟后突破表皮。分生孢子盘上有黑褐色刚毛。分生孢子梗短而不分枝，顶端产生分生孢子。分生孢子卵圆形或椭圆形，单胞无色，有的稍弯。重要病原菌有瓜类炭疽病菌（Colletorichum lagenarium）等。
（3）茎点霉属（Phoma） 分生孢子器球形或扁形，或有乳头状突起，有孔口，埋生于寄主组织内，部分自组织内突出或以短啄穿出表皮。分生孢子梗生于分生孢子器的内壁上，极短，单生不分枝。分生孢子很小，单胞无色，卵圆形或椭圆形。重要病原菌有甜菜蛇眼病菌（Rhoma betae）。
（4）丝核菌属（Rhizoctonia） 菌核褐色或黑色，形状不一，较小，疏松，着生在菌丝体中，与菌丝体相连。菌丝褐色，近分枝处形成分隔，呈缢缩状。菌丝多呈直角分枝。重要病原菌有蔬菜幼苗立枯病菌（Rhizoctonia solani）。
（二）植物病原细菌
植物细菌性病害是有细菌引起的传染性病害。细菌作为植物病害的病原，其重要性仅次于真菌和病毒，居第三位。许多植物细菌性病害已经成为生产上的重要的问题。如水稻白叶枯病和条斑病、马铃薯环腐病、茄科和其它作物的青枯病、十字花科蔬菜的软腐病等。此外，黑龙江省发生的水稻褐斑病、大豆细菌性斑点病、马铃薯黑胫病、黄瓜角斑病等都是危害较大的细菌性病害。
在细胞生物的五界分类系统中，细菌属原核界，是一类原核单细胞生物，结构简单。少数为自养生物，多数为异养生物。在异养细菌中，多数营腐生生活，少数寄生生活。
细菌体形很小，一般光学显微镜必须用高倍或油镜方能观察到其外形。一般长度为1~3μm，宽为0。5~0。8μm。
细菌的菌体为单细胞，有细胞壁和细胞膜，没有真正的细胞核，只有分散于细胞质中的核质。菌体有球状、杆状和螺旋状，植物病原菌全是杆状。有的细菌在细胞壁外还有一层厚厚的荚膜，具有抵抗干燥的作用。菌体的一端、两端或四周具有鞭毛。鞭毛是细菌的运动器官，多数细菌能在水中运动。鞭毛数目从一根到多根，着生方式有单生、两极生和四周生等。鞭毛的数目和着生方式是细菌分类的重要依据。
细菌以二裂方式进行繁殖，即一分为二，这种方式称为裂殖。当细菌生长到一定限度时，菌体稍微伸长，细胞质膜中部向内延伸，细胞内物质重新分配，同时形成新的细胞壁，最后母细胞从中间分裂为两个细胞。细菌繁殖很快，其速度是惊人的，在适宜的条件下每20分钟就可繁殖一代。一个细胞经一昼夜后便可繁殖到数亿个。这也是细胞病害发展快，危害严重的原因之一。
植物病原细菌的特征有：
1。 寄生性
细菌不含叶绿素，不能自制养料，依靠寄生和腐生生存，因而是异养生物。所有的植物病原细菌都是非专性寄生菌，虽然寄生性强弱有所不同，但都可以在人工培养基础上生长繁殖。在固体培养基上形成的菌落多为白色、黄色或灰色，在液体培养基中可以形成菌膜。一般说来，寄生性强的植物病原细菌在普通培养基中生长较慢，而且不能很好生长，但它们可以侵染植物的绿色部分。腐生性强的植物病原细菌在普通培养基中生长较快，它们大都侵染植物的贮藏器官或抵抗力较弱的部位。
2。 革兰氏染色反应
染色反应在细菌的一个重要性状，革兰氏染色反应已成为细菌鉴别和分类的重要依据，细菌涂片后用结晶紫或龙胆紫染色，以碘液固定，所染颜色不能为酒精或丙酮洗脱，菌体呈蓝黑色的革兰氏阳性菌。洗后如褪色，加蕃红液复染。菌体被染成红色即为革兰氏阴性菌。在植物病原细菌中，除棒杆菌属为革兰氏阳性菌外，其余都是革兰氏阴性菌。这可以同大多数伴生的腐生菌区别开来。
3。 好气性和耐低温
绝大多数植物病原细菌是好气性的，只有少数兼厌气性。人工培养时，以中性或略带碱性的培养基较为适宜。植物病原细菌能耐低温，生长所需最适温度一般为26~30℃左右。除少数喜高温外，一般在33~40℃时就停止生长。50℃下处理10min，多数细菌便死亡。
4。 其它生理生化反应
各种细菌都含有不同的酶，在其生命活动过程中多各种化学成分或培养基产生不同的生化反应（但也有相同的），这种生化反应试验可以作为区分或鉴定不同细菌的一种根据，常规测定包括：
① 对石蕊牛乳的反应。
② 明胶液化能力。
③ 水解淀粉能力。
④ 还原硝酸盐能力。
⑤ 在蛋白胨培养液中测定其代谢产物，如氨、硫化氢和吲哚等。
⑥ 分解脂肪能力。
⑦ 能否利用各种糖、醇、甙。使之分解产酸或产酸兼产气。
对细菌的分类，现在一般采用伯杰氏（D。H。Bergey）《细菌坚定手册》中的分类系统。植物病原细菌在分类系统中的分布很集中，主要包括在五个属内，这五个属的划分是根据鞭毛的性状、菌落的色泽和形状、革兰氏染色反应和生理生化反应等进行的。
1。 棒杆菌属（Corynebacterium）
菌体是直或稍弯曲的杆状，有时呈棒状，大小差别较大。一般没有鞭毛，有的有简单根极生鞭毛，没有荚膜；革兰氏染色反应阳性。严格好气性。营养要求高，生长较慢。寄生在植物上的棒杆菌属细菌多半引起植物萎蔫