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辛亥革命以后，孙中山暂时执掌国柄，蔡元培成为中华民国首任教育总长。正当蔡元培沿着修齐治平的理念实现自己的辉煌梦想和政治抱负时，却由于政见纷争、人事倾轧，他愤然离职出走，暂避欧洲。经历了四年多的漫长等待，蔡元培终于在1917年这个苦寒的冬日，以崭新的姿态、坚定的信念，跨进北京古城这座在中国历史上声名显赫的最高学府的灰黄色门槛。
跨过时代的门槛（2）
这一与往昔大不同的就职，为当时中国僵硬得如干尸状的教育体制开辟了一个化腐朽为神奇的通道。面对蔡元培的雄心锐气，一些官员和御用策士们深感震惊，以少有的清醒及政治洞见作了如下预言：蔡元培之入主北大，于北洋政府“无异猪八戒肚中吞了一个孙悟空”，是自取痛苦和死亡的不祥征兆。情势所迫，大势所趋，无论是当朝的“猪八戒”，或山中魔王们，已顾不得这许多，只有听凭这个制造过炸弹并心怀异志的“齐天大圣”，钻进肚中任意翻着跟头上下折腾了。
跨进北大的蔡元培，立即于一潭死水中投下一块坚硬如铁的“知识革命之石”。在北京大学那长满苔藓的校园与暗伏着蓬勃生机的宽阔讲台上，这位怀揣新思想与现代科学知识的校长，与他的同事及学生们一道，负载起抗争与奋斗、梦想与追求的新使命。在周围尚处于蒙昧与混沌状态的历史时刻，蔡元培审时度势，提出了“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”十六字箴言。这个光芒万丈的治学方针，如大海潮声，振聋发聩，故都上空，犹如“晦雾之时，忽睹一颗明星”。①正是凭着这种果敢坚强的精神，蔡元培把故宫脚下日渐沉沦腐败的京师大学堂，逐渐改造成为一块“精神的圣地”。北大从此不再是成批生产封建体制内候补官僚的冰冷机器，而是成为具有“独立之精神，自由之思想”、散发着人性光辉和科学理念的人才成长的摇篮。这个摇篮在散发出科学与民主精神光辉的同时，也“为文化的积累留下了一个永久的崖层”。自此，一代又一代中国人的梦想，都系于这片风雨迷蒙中升浮而起的圣地之上。
正是因为有蔡元培提倡并严格遵循“兼容并包”的治学方略，才催生了浩瀚壮阔的北大与北大精神。这个脱胎换骨的新式大学堂，不仅接纳了陈独秀、李大钊、胡适、鲁迅等文化另类和“叛逆”者，还包容了黄侃、刘师培与脑后拖着辫子的清朝遗老辜鸿铭等传统文人与硕学鸿儒。改造后的北京大学增进了新的科学知识，科学与文学开始在这块新生的圣地上分庭抗礼，历史、哲学和绵延千年的“四书”、“五经”也必须根据现代科学方法加以研究和解析，中国知识领域几千年来一直由文学独霸的状况有了新的气象。在陈独秀、李大钊、胡适等新派“领袖人物”统率的革命闯将与强劲的老派对手交锋过程中，各种文化思潮如乌云滚动中爆裂的雷电，相互碰撞，激荡，交融，在古老的京都与中华大地迸发出一串串耀眼的火花。
在火花闪耀中，蔡元培亲手制造的文化炸弹，一不小心被点燃了引线。北京街头热切的呼唤伴着声声怒吼，终于爆响了20世纪黑暗中国的第一声惊雷。
1919年5月4日，北京爆发了中国历史上最著名的大规模学潮……号称“德先生与赛先生”的新文化革命运动。整个北京高校校园和街头巷尾，风卷浪滚，泥沙俱下，豪杰并起，猛士如云。身处激流浪涛中的京城高校学生肩扛大旗走出校园，汇集于天安门前游行示威，随后赶赴赵家楼痛殴卖国汉奸曹汝霖，一把火烧了赵家楼，引发了朝野上下及社会各阶层的大震动……号称中国新民主主义革命的伟大爱国运动由此揭开了序幕。一直充当着这场运动的前驱、承载了巨大风险而幸存的北大，作为“民主堡垒”的象征，深深地扎根于中华民族的大地上，并为一代又一代爱国志士所缅怀、铭记。
跨过时代的门槛（3）
汹涌澎湃的五四运动大潮逐渐退去，继而是南北中国狼烟四起、军阀混战、城头变幻大王旗的糜烂格局。急剧的动荡使蔡元培在北大校长任上时仆时起，难得安宁。1923年1月17日，不屑在党派倾轧中屈就的蔡元培，毅然向大总统递交了辞去北大校长的呈文，同时致函教育部宣布辞职，并明言其辞职之因非为私情，而为公理，同时对外界披露了辞职的缘由。
这一事件的直接导火索脉络清晰，并不复杂。曾在北京大学教书，并短时间做过北洋政府财政总长（1922年9月19日…11月29日）的罗文干，其人格为蔡元培所深信。在政客们相互倾轧攻伐中，罗被冤枉，遭到逮捕。号称司法独立，实则被北洋军阀控制的司法机关，宣布对罗无罪释放。罗文干出狱四天，国务院一帮政客再度开会，由教育总长彭允彝提案，形成决议，复把罗文干逮捕关入大牢。面对置司法公正于不顾、翻云覆雨的政治勾当，忍无可忍的蔡元培挺身而出，以他的“不合作主义”宣布辞职以示抗议。他在致北洋政府呈文中慷慨激昂地说道：“钧座尊重司法独立之命令朝下，身为教育最高行政长官之彭允彝，即于同日为干涉司法独立与蹂躏人权之提议，且已正式通过国务会议。似此行为，士林痛恨！佥谓彭允彝此次自告奋勇，侵越权限，无非为欲见好于一般政客，以为交换同意票之条件耳。元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安；尤不忍此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。惟有奉身而退，以谢教育界及国人。”
7月20日，蔡元培登船赴欧考察、进修，以一走了之的决绝态度表示了他的请辞决心。这一走就是三年，尽管北大事务由总务长蒋梦麟代理，但蔡的校长名义仍然保留如故。1926年7月8日，蔡元培从欧洲归国，再度提出辞去北大名义上的校长之职，未得获准。出于对时局失望和对军阀政客的强烈愤懑，生性耿直的蔡元培再也没有回到充溢着民主、自由空气的北大校园视事。②
在北洋军阀的统治即将全面崩盘的前夜，1927年6月13日，身为国民党中央监察委员并立志改革教育体制的蔡元培，在南京向国民党中央政治会议提交设立中华民国大学院案。根据《大学院组织法》，以大学院“为全国最高学术教育机关，承国民政府之命，管理全国学术及教育行政事宜”。17日，国民政府批准此案，并特任蔡元培为大学院院长。同年10月1日，中华民国大学院在南京正式成立，蔡元培与国民党南京政府外交部长伍朝枢、财政部长孙科、司法部长王宠惠等高官大员，于民国政府举行就职典礼。自此，蔡元培有了一个比民元时期更加游刃有余的环境和畅顺的人脉关系。借助于短暂的天时、地利、人和，他提出了新的准则，即努力争取实现在官方背景下的学术和研究独立状态。当时的有识之士吴稚晖等辈与蔡元培保持了一致的观点，希望中国有几十个或更多的知识分子专心致志从事窄而深的学问，等一二十年之后，逐渐形成社会的重心，以转移社会学风，政府与学术机构因势利导，中国便可以在知识上得以大幅度提高，甚至可与西方学术界角逐争胜……中华民国大学院的适时成立，为实现这一理想打下了第一块基石。
早在1927年4月17日，国民党中央政治会议第七十四次会议在南京举行，学界要人李石曾等曾提议设立中央研究院案，决议顺利通过，并推李石曾（煜瀛）、蔡元培、张人杰（静江）共同起草中研院组织法。5月9日，中央政治会议第九十次会议议决设立中央研究院筹备处，推定蔡元培、李石曾、张人杰、褚民谊、许崇清、金湘帆为筹备委员。7月4日，《中华民国大学院组织条例》公布，改列正在筹备的中央研究院为中华民国大学院附属机关之一。11月9日，《中央研究院组织法》公布，改定“中央研究院直隶于国民政府，为中华民国最高学术研究机关”，设立：物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。但鉴于财力、人力和各方面条件限制，最初只设了与国计民生有直接、紧迫关系的理化实业、社会科学、地质、观象等4个研究所，其他研究所后来才陆续成立。
1928年4月10日，南京国民政府决定改中华民国大学院中央研究院为国立中央研究院，成一独立研究机关，任命蔡元培为中央研究院院长，杨铨（杏佛）任总干事。5月，启用印信。6月9日，第一次院务会议在上海东亚酒楼举行，宣告中央研究院正式成立。此时的中研院已拥有了7个研究所，各首任所长如下：地质所李四光；天文所高鲁；气象所竺可桢；物理所丁燮林；化学所王进；工程所周仁；社会科学所杨端六。
从1928年到1937年9年间，经过蔡元培与同仁共同努力，中央研究院不断发展壮大，相继在南京、广州、上海等地设立了包括物理、化学、工程、历史语言在内的10个研究所。正当蔡元培踌躇满志，欲一鼓作气把预定计划中的14个研究所全部建立起来时，抗日战争爆发。随着淞沪抗战失利，南京危急，中央研究院下属各所不得不打点行装，踏上关山阻隔、前途黯淡的流亡之路。
病逝港岛（1）
病逝港岛
卢沟桥事变前两年，作为中国学界领袖的蔡元培，身体状况已现衰老的颓势，病魔开始与他纠缠不休。在此情形下，他仍以身垂范，为国家民族的救亡与复兴奔走呼号。据蔡的学生、曾先后出任清华大学和中央大学校长的罗家伦回忆，有一次蔡元培到南京，时任国民政府行政院院长兼外交部长的汪精卫设宴招待。席前，蔡元培极为真诚恳切地苦劝汪精卫改变亲日立场和行为，严正态度，以推进抗战与民族复兴的国策。当时在座的罗家伦等人看见，蔡元培说到激动伤心处，眼泪一滴滴落在汤盘里，又和汤一道咽下去，在场者无不为之动容。
1937年7月7日，卢沟桥事变发生，蔡元培正在上海，中央研究院理、化、工等三个研究所仍留在上海租界内开展工作。未久，“八一三”淞沪抗战爆发，中华民族生死存亡的大战拉开了高潮大幕。硝烟炮火中，蔡元培强撑病体，亲自组织、指挥上海三个研究所向内地撤退。
11月1日，国民党军队在淞沪战场上败象已现，各路大军奉命撤退或正在转移途中，蒋介石紧急召集会议，说根据外交部的情报和意见，九国公约联盟将于11月3日在比利时首都开会，这次会议对中国的命运关系甚大，只要中国军队在上海继续顶下去，九国公约国家就有可能出面联手制裁日本，断其战略资源的通道。为抓住这一稍纵即逝的历史性契机，蒋介石决定收回撤退成命，各部重返前线再“支持一个时期，至少两个星期，以便在国际上获得有利的同情和支援”。
为配合政府这一战略决策，11月2日，蔡元培带头与上海交通、同济、暨南等大学校长黎照寰、翁之龙、何炳松，以及中央研究院气象研究所的竺可桢等著名教育界、科学界人士，联名致电比利时九国公约会议，强烈呼吁采取有效措施，遏制日本对华侵略，严惩日本违反国际公法、肆意摧毁中华民族文教机关之暴行。但历史让人们看到的是，无论是蒋介石还是蔡元培，都只是一厢情愿，结果是公理未能战胜强权，希望全部落空。奉命中途返回上海再战的中国军队，于混乱中遭到日军精锐重创，两个星期的时日未到，中国军队开始大规模溃败。12日，上海沦陷。
就在上海沦陷之际，中央研究院总办事处已由总干事朱家骅和史语所所长傅斯年（字孟真）共同组织撤往重庆；蔡元培满怀悲愤与忧伤，乘一艘外国油轮独自一人从上海赶往香港，准备转赴重庆与傅斯年等人汇合。由于一路颠簸漂荡，年高体衰的蔡元培抵达香港后身体不支，被迫滞留在港岛疗养休整，暂居于跑马地崇正会馆。
翌年2月，蔡元培一家老小逃出沦陷的上海乘船抵港，全家迁往尖沙咀柯士甸道，蔡元培化名“周子余”隐居下来，平时谢绝一切应酬，但仍遥领中央研究院事务，并通过各种渠道密切关注着中研院的命运，同时为未来的生存与发展计谋筹划。据蒋梦麟回忆说：“蔡先生晚年表现了中国文人的一切优点，同时虚怀若谷，乐于接受西洋观念。他那从眼镜上面望出来的两只眼睛，机警而沉着；他的语调虽然平板，但是从容、清晰、流利而恳挚。他从来不疾言厉色对人，但是在气愤时，他的话也会变得非常快捷、严厉、扼要……像法官宣判一样的简单明了，也像绒布下面冒出来的匕首那样的尖锐。”正是具有这样一个人格，隐居香港的蔡元培精心策划组织，于1938年2月底在香港主持召开了中央研究院自上海、南京沦陷以来首次院务会议。浙江省主席兼中研院总干事朱家骅，以及所属的丁西林、李四光、竺可桢、傅斯年、陶孟和等10位所长如期赴约，共商御侮图存大计。面对众人显现的慷慨悲歌之气，蔡元部颇为欣慰，精神为之大振。此次会议确定了战时院务工作的许多重大策略与生存发展方针，对未来作了前瞻性筹划，与会同仁莫不深受鼓舞。
病逝港岛（2）
当淞沪抗战爆发、上海告急之时，极富远见的蔡元培就派人赶赴云南昆明与当地政府有关部门接洽，希望把中央研究院在上海的三个研究所搬到昆明继续工作。云南方面表示欢迎并乐意提供路费，但作为交换条件，中央研究院下属的工程所等相关机构，需帮助对方在昆明近郊安宁建立一所利用电炉制钢的现代化工厂，这一要求得到了蔡元培批准。1938年春，中央研究院工程所等机构，从日本人的铁蹄下悄然撤离沦陷的上海，只是限于当时的条件，炼钢电炉没能带出。撤出人员租用外国油轮从香港、河内一路辗转来到昆明。当时的云南只能用高炉和转炉生产生铁，中研院工程所到来后，开始在昆明东寺街石桥辅租用民房进行炼钢实验，后来为了躲避日机轰炸和市区的拥挤、喧闹，于滇缅公路昆明至缅甸方向22公里的桥头村，建立了一座100亩地大小的工厂，所需设备除自制外，还通过昆明安利公司从英国、美国购进。工厂建成后，于1941年6月炼出第一炉钢，8月轧出第一批钢。之后，昆明几乎所有最新兴起的大型建筑都使用此种钢材，名震一时的胜利堂、五华山光复楼等著名建筑，都是在这样的背景和条件下兴建起来的。不过，当这一切到来的时候，蔡元培已经看不到了。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂举行的美术展览会，并公开发表演说。……这是蔡元培在港期间唯一的一次公开演讲，其意本为向同胞和国际友人话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体衰弱不堪，未能成行，最终病逝港岛。
1940年早春，73岁的蔡元培步入了贫病交加的人生暮年，他的生命之火即将熄灭。而此时，偏又遭逢流亡昆明的爱女蔡威廉死于难产的致命一击。蔡威廉作为一位留法归国的杰出美术家，自和法国归来的林文铮结婚后，一直致力于杭州国立艺专的艺术教学工作，满腹才华和理想尚未来得及施展和实现，就于抗战流亡途中撒手人寰。蔡威廉一家在昆明生活得极其艰难，而她本人则死得更加悲惨，在咽下最后一口气之前还用手在墙上反复疾书“国难，家难……”其撕心裂肺之状，闻者无不为之动容。
白发人送走了黑发人，而白发人也将寻着女儿的背影飘然而去。1940年3月3日晨，蔡元培起床后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继之昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。
巨星殒落，举国震惊。全中国不分政治派别，各界人士均表深切哀悼。国民政府发布褒扬令，以“道德文章，夙孚时望”、“推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰”来烘托蔡元培高山仰止的人格光辉与民族气节。国民党在重庆举行公祭，由党总裁蒋介石亲自主持，接着举行追悼大会，以表达对死者的追念与哀思。远在延安窑洞里的中共领袖毛泽东闻讯，也向这位对自己当年进北京大学谋到图书管理员差事有知遇之恩的故校长发表了“孓民先生，学界泰斗，人世楷模”的唁电，同时发动延安