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灰原把一个用于家居清洁的化学药剂专利交给阿笠博士授权给美好心情财团第一实验室（宫本美子为了保护阿笠博士，让他加入的，不过只是挂名），年收入至少过亿日元，但仍然不够用（灰原的奢侈品也花费巨大）。
灰原借用对面浅井家的地下实验室，帮助浅井香打工做基因克隆方面的实验（浅井香知道柯南是工藤新一，知道灰原与柯南一样，但不知道灰原是雪莉。）
柯南与灰原相遇，假的钱事件后，调查灰原给她姐姐的软盘，但没有发现，因为是证据，警方对软盘进行了检查，而软盘里的电脑病毒就此进入了警视厅的计算机系统潜伏下来。
灰原也想明白了，原来是她害死了她姐姐，也害了她自己，是她错把装有数据的软盘交给宫野明美，令组织确认雪莉背叛，所以不再怜惜她的才华，对她和她姐姐痛下杀手。
动画第163…164集月亮、星星与太阳的秘密，本书是第04卷第0722章开始。
犯人奥田伦明无罪，因为他的假钱已经退出流通很久了，他对米国有仇恨，后来被贝尔摩德利用成为杀人棋子，杀了整队的调查局人员。
……
第05卷
动画第176…178集与黑衣组织的再会，本书是第05卷第0751章开始。
皮斯可事件，灰原被抓，喝酒变大后爬上天台，琴酒赏了灰原四颗子弹，在四肢的关节处，柯南救下灰原，通过窃听眼镜听到琴酒杀死皮斯可，但没有听完。
由于贝尔摩德化装成了皮斯可，所以柯南也不知道谁死了。
皮斯可会死，一是因为岛国经济巨变，手中产业亏损，他本人能力不足，但又占着位置不放，二是训练营，也就是沼渊己一郎，正在组织的追杀下，破坏组织地下网络，而这样的人居然是废物，说明皮斯可连识人的本事都没了，手中系统僵化无能，已经没有了价值，该消失了。
后来，贝尔摩德装扮的皮斯可，把他的生意转出去，然后全家乘游艇出海去澳洲，在暴风雨中遇上海难，全家死光。
皮斯可控制的是汽车租赁业务，琴酒的爱车就是通过他的公司进行各种年检保险等，否则琴酒的车子根本开不上路，一上路就被交通警察盯死了。
而至此，琴酒等人慢慢开始响应贝尔摩德的建议，化妆出行，使用普通不显眼的车子。
动画第188…193集危命的复活，本书第05卷第0770章开始。
柯南变工藤，山崎帮他善后，为了工藤的安全，本来想把工藤圈禁起来，但他又变小了，也就放弃了。
剧场4瞳孔中的暗杀者，本书是第05卷第0787章开始。
本来只是相对简单的事件，贝尔摩德利用卖给犯人风户京介的武器做文章设了个大局，牵涉出了海上保安厅丢失武器，利用人事调动下了盘大棋，埋下棋子的同时，重新建立起了一个进出口的犯罪网络。
（这一点是宫本美子和山崎的猜测，并没有证实，因为无法证实，也不知道是谁，到底有没有人布局。）
动画第209集龙神山坠崖事件，本书第05卷第0823章开始。
由于组织没了自营码头，不能运输脏车，所以把赃车藏在山中，于是有了这个事件，由于是外围，所以柯南没有收获。
柯南并不知道这与组织有关，不止是这个，很多事件都不知道，他的对手就是他要找的。
……
第06卷
a动画第219集被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德，本书第06卷第0847章开始。
传说中的boss乌丸家事件，虽然经作者证实了，不过本人认为横浜雨中楼事件中的那个年轻侦探才是。
动画第226…227集格斗游戏的陷阱，本书第06卷第0867章开始。
因为美好心情财团壮大，没有任务的茱蒂变成帝丹老师，接近山崎和美黛子。
动画第230…231集神秘的乘客，本书第06卷第0871章开始。
贝尔摩德并没有变成新出明智，也没有暴露身份，而大明星莎隆和她女儿都在活跃着，跟贝尔摩德有没有关系，仍然是一个迷团，从证据上并没有关系。
贝尔摩德在玩，逗调查局玩，顺便布杀局。
动画第0240…0241集新干线护送事件，本书第06卷第0891章开始。
犯人背后的药物贩子与黑衣组织有关，利用车辆夹带违禁药物。
剧场5通往天国的倒计时，本书第06卷第0915章开始，至第0933章。
（本卷开始有游戏，如果给阅读带来不便，很抱歉，只能说以后尽量凑整章。）
贝尔摩德收了原佳明，而炸毁大厦的目的是掩藏常盘主机数据，他们用来入侵美好心情财团主机，以及制造茧游戏的辛德拉集团主机。
本书中辛德拉集团很强大，它拥有虚拟现实这种黑科技，可以想象出它是多么重要了。
动画第258…259集来自芝加哥的男子，本书第06卷第0988章开始。
詹姆斯过来了，顺便保护朋友马戏团老板，本书中犯人想杀了詹姆斯装作送去就医，詹姆斯放倒了他们。
……
就是这些。
本书的剧情4…组织方剧情03（）
黑衣组织的剧情大略介绍：第07卷至第09卷
第07卷
动画271…272集急忙掩饰的忽略…动画第274…275集幽灵屋的真相，本书是第07卷第1034章开始，重点是第1047章前后。
茱蒂老师咬住了贝尔摩德化妆的人，但其实那是贝尔摩德故意让茱蒂老师追踪的，互相算计。
动画第277…278集英语教师vs西部名侦探，本书是第07卷第1057章开始。
柯南和服部调查茱蒂老师未果，但思索她不是敌人。
动画第286…288集工藤新一纽约事件，本书是第07卷第1139章开始。
在纽约，工藤见到了莎隆，见识了霍休公司的保全人员（不是保安）。
（原作中很有意思，指纹都有了，却不抓人，就算是放长线也长得过分了。）
贝尔摩德想杀赤井秀一，但没成功，但她成功脱身。
动画第289…290集光彦森林迷失记，本书是第07卷第1153章开始。
琴酒和伏特加终于在群马山中堵住了回家乡的沼渊己一郎，为了家乡不被血洗，沼渊己一郎没有逃走，而是跟伏特加决斗，结果只接了伏特加一刀，但刀被斩断，人也被斩成重伤。
沼渊己一郎利用肌肉收缩控制住伤口，逃了，遇上了柯南和灰原，交代了些事情后，重伤而亡。
之后，第1161章灰原受到惊吓，山崎带她去神父那里治疗，获得好转，灰原对山崎有所改观，不是喜欢那种，大约由很讨厌变成一般讨厌，一来她把三个部下的死算在石峰保全身上，二来不想与美好心情财团扯得太深，在米国待过的灰原对财团这种组织印象不好，三不想被发现当成小白鼠，为此她宁愿去死。
接着第1163章点名皮斯可，也就是山宪自动车会社社长，山宪三先生一家海难死亡。
……
特别说一下
剧场6贝克街的亡灵，本书第07卷第1104章前后。
茧游戏这个虚拟现实黑科技在本书中不是战术的，不是用过就算了，而是战略级别的，辛德拉集团是世界级的，与米**方紧密合作，公司的安全关乎国家安全。
而辛德拉社长，也不会去亲自杀人，他利用米国法律轻易就能干翻包括工藤优作在内的蚂蚁。
没错，在他眼里工藤优作只是一个蚂蚁而已，安他一个窃取机密的罪名，就能让他进监狱一辈子了。
之所以饶工藤优作夫妻一命，大部分是看在美好心情财团以及身后盟友的实力。
另外，自主智能系统也隐晦的提了，以后会不会出现，不知道。
再有一个，宇宙星空游戏里的盖娅与《樱花末日》中的盖娅，是不是一个暂时还没想好。
恶灵危机游戏，是进行军事训练的好去处，但太过于真实残酷，并会增加暴力，很多国家禁止，或有年龄限制。
琴酒等人想玩却玩不了，因为信息会被获取，直到第11卷，贝尔摩德有了余钱，又嫌他们碍眼，特别是琴酒老盯着她，让她找灰原，于是安排他们去迪拜，在游戏里面训练。
另外，对于柯南世界中出现这个虚拟现实游戏，我只能说是缘分，让我可以在写推理之余，写些游戏内容。
各位书友不喜欢看穿插的游戏，就跳过，我尽量集中写在一起。
……
第08卷
动画第309…311集与黑衣组织的接触，本书第08卷第1226章开始。
琴酒和伏特加搜索储物柜，贝尔摩德为救柯南出现，令琴酒怀疑，于是让贝尔摩德用真声说话。
柯南因此听到了她的真声，后来发现那是大明星莎隆的声音。
这令柯南怀疑她与莎隆的关系，但是在贝尔摩德活动的同时，莎隆和她的女儿也在活动，根本不用怀疑。
另外，柯南因为使用充气足球和麻醉针，最好用两亿日元与犯人和解，才让他们答应以后不再追究麻醉针和充气足球带来的伤害和后遗症。
后面足球踢人，麻醉针扎人，都被律师抢过，然后再也不敢乱对人用了。
柯南的太阳能滑板也很久没用了，因为敢上路，交警就敢没收。
本书的世界是正常的社会，柯南敢乱来，别人就敢拿起法律武装自己，讹钱，没钱就老实点。
动画第318…319集幸运的雪茄盒，本书第08卷第1248章开始。
贝尔摩德设局抓走了松平正树，留下遗体，因为松平正树的按摩椅是靠思维工作的，是人机接口技术的应用。
“天堂的人自以为生活在天堂，总以为地狱的人生活在地狱；地狱的人自以为生活在天堂，总以为天堂的人生活在地狱；你要么去你心中的天堂，要么留下享受你的地狱之旅，我想你会喜欢上它的。”
贝尔摩德这么告诉松平正树，让他从此改头换面连基因都通过骨髓手术改了，从此人间蒸发。
动画第338…339集四辆宝石捷，本书第08卷第1318章开始。
不过灰原在事件之前第1316章就被送去美好心情中央病院，但与宫野明美错过了。
动画第340…341集洗手间里隐藏的秘密，本书第08卷第1325章开始，至第1335章。
不过之前的第1320章，宫本美子有找朱蒂老师谈判。
而之前的第1322章和之后的第1346章是卡尔瓦多斯。
依拉克战争，卡尔瓦多斯成了雇佣军，顺了一集装箱军火回来，包括很多重型武器，比如毒刺导弹等，为了掩盖这批军火，卡尔瓦多斯杀了他的所有的队友。
而为了让这批军火能够在岛国使用，贝尔摩德利用自卫队军官私下贩卖武器的事情（这个私下贩卖武器的事件是现实中真实发生的事件加以扩大利用），搞出了一个大爆炸，掩盖了流失的军火数量。
后来卡尔瓦多斯在依拉克抓住了前总统的秘密特工，转身一变成了合法的雇佣军。
宫野家方面，组织一直派楠田陆道在监视，宫野家洗手间里的东西是贝尔摩德留的，她说原本想放炭疽的，后来放弃了。
而灰原找到的录音带是从电子邮箱里找到的线索，是从银行保险库里拿出来的，包括逃跑的护照、钱、枪，还有录音带。
最后，宫野家里的人都死了，死于旅行事故，在琵琶湖上翻船。
……
第09卷
动画第345集与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案，本书第09卷第1357章开始。
贝尔摩德以自己为诱饵，以摸清了调查局人员情况。
而为了以防万一，为了脱身，她在化妆游轮上安排了后手，通过炸毁整艘船，制造混乱，她好从水中脱身，不过最后放弃了杀人，只炸了船。
贝尔摩德花钱雇了一大堆不相干的人对付赤井秀一和朱蒂老师，组织的人根本没露面。
而柯南，贝尔摩德直接威胁他，他敢动手，她就敢送爆炸物，柯南只能放弃了。
顺便，贝尔摩德挑起了调查局和美好心情财团的摩擦，那码头是美好心情财团的货场，调查局通过官方检查，令美好心情财团损失了很多。
第1385章。
奥田伦明以油罐车爆炸物自杀攻击，把聚会的调查局探员一锅端，并栽赃他们意图刺杀天皇。
由于在现场真的找到了大量的枪支，局面一度变得紧张。
最后证实圆田隆明有妄想症，只是看他们是外国人产生了妄想，是虚惊，但调查局的活动也受到关注。（现实中，岛国应该不缺少这类憎恨米国人的人。）
这是贝尔摩德摸清了调查局探员的情况，在她的挑拨教唆下进行的，但没人知道。
动画第358…359集本厅刑事恋爱物语5，本书第09卷第1389章开始。
麻药贩子用火箭弹对付冲锋车，用导弹干掉了直升机，是两架军队的武装直升机，最后自杀。
这都是从黑衣组织手中流出的武器，而在之前冲绳事件的掩盖下，这黑锅只能是军方自己背了。
……
就是这些。
本书的剧情5…组织方剧情04（）
黑衣组织的剧情大略介绍：第10卷至第12卷
第10卷
第385…387集斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音，本书第10卷第1472章开始。
本集犯人在主角的劝说下没有继续作案，而是等待用法律去制裁仇人。
本书中贝尔摩德的七个孩子电话号码，是宫野家事件中，从事件人物夏堀勇的录音中听到的，贝尔摩德打电话时的按键音。
动画第403…404集不可思议的天使之馆，本书第10卷第1516章开始，至第1521章，然后是第1544章至第1548章。
本书的本剧根据现实进行合理化，面对大富翁伊势川刚三大量遗产，不是一个管家说没资格就没资格的，其他亲属都拉来了人手。
卡尔瓦多斯作为雇佣兵参与，贝尔摩德作为他的翻译，目的是获取投资家遗留的，银行和金融机构的股票。
只是这部分交给米国的一个私人基金，贝尔摩德亲自去米国和墨西哥走了一躺，利用网络雇佣杀了人全家，同时暴露那个私人基金与地下世界有关系参与洗净资金活动。
于是米国调查局参与，最后把基金拍卖，贝尔摩德通过拍卖成功获得了想要的。
（剧透一下，其实也算不上，因为本书与现实结合，接下来是金融危机，所以组织花费心计搞到的这些，结果可想而知。）
……
第11卷
动画第425集黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间，本书第11卷第1633章开始，至第1655章。
本书中，组织的结构相当严密，不是原作那种随随便便就能加入的，条件简单但难以做到。
所以，本书中，水无怜奈也好，诸星大也好，安室也好，他们根本做不到，因为一旦做了，就无法回头了，所以他们其实都只是内围中的外围，随时抛弃的棋子。
而水无怜奈，其实一早就被怀疑了，因为她四肢中弹却把人咬死了。
咬死了可以有，但四肢中弹却没有残废，只能说对方手下留情，故意的。这一点目前还没完整的说，接下来红与黑中，会说。
本集中，水无怜奈就是一个棋子，杀议员，由她动手，用毒针，而狙击枪是瞄准她的，要么她死，要么议员死。
最后被搅局了，水无怜奈被绑上爆炸物当成弃子扔了，最后落水被调查局安排失踪。
（这其实是水无怜奈自己选的，那是她唯一的生路，但她也没想到她会伤得那么重。）
琴酒也注意到了毛利和柯南，最后之所以没动手，是因为组织与石峰保全达成了协议，以数以十亿计的美元为代价。
（否则一次杀不成，还可以再来一次，三不五时打个招呼，隔三差五送个大礼包，既然牵扯进来了，就别想活着出去，琴酒冷血多疑，哪会容这些时常出来碍眼的家伙活着。）
这些事情毛利完全不知道，柯南知道一部分。
柯南知道石峰保全与组织有交易，并且没有对付组织，因此对山崎信任大减，与调查局的关系变得更紧密。
而因为石峰保全，组织让琴酒放弃了第二个基地，在奥多摩町的林业会社，转移到品川的一户建里面。
有茧游戏可以训练，有电话有网络可以随时调度，已经不需要大型基地了。
不过琴酒等人还是不用茧游戏，怕体征被拿走。
后来贝尔摩德资金有了盈余，她对灰原与水无怜奈的调查并不积极，为了不让琴酒一天到晚拿手枪指着去干活，把琴酒等人带到迪拜安置，美其名曰让他们在游戏中训练，把他们扔在那里了。
……
动画第429…430集无法归来的二人，本书第11卷第1686章之前，第1681章。