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朝中期后因国力衰退，朝廷与西藏的联系不如前期密切，但始终掌握着西藏的主权，西藏一直是明朝疆域的一部分。
5 其他政权的疆域
今新疆、内蒙古、青海和甘肃的一部分在明朝的大部分时间内都处于它的疆域之外。在这些地区建立的政权主要有：
别失八里
14世纪40年代，察合台汗国陷于分裂，至60年代西察合台汗国演变为帖木儿汗国。1370年（明洪武三年）东察合台汗居别失八里，1418年（永乐十六年）西迁亦力把里（一作亦力巴力，今新疆伊宁市），明朝史籍即以城名称其国名。辖境包括今新疆除哈密地区和额尔齐斯河、乌伦古河以东北地区以外，境外巴尔喀什湖、塔什干以东和帕米尔高原。16世纪后期，天山以北地区的东部已为瓦剌所占，其余也分裂为几部：吉利吉斯，在今巴尔喀什湖以东南一带：哈萨克，在今伊犁河流域；叶尔羌，在今塔里木河流域和帕米尔高原；土鲁番，在今天山以南东部地区和甘肃西部。
鞑靼、瓦剌
鞑靼始见于唐代中叶，是突厥统治下的部族，以后兴起的蒙古是其中一支。元亡后，明朝又将蒙古高原东部蒙古成吉思汗后裔各部都称为鞑靼。
瓦剌，清以后称卫拉特、额鲁特、厄鲁特，本在叶尼塞河上游，被成吉思汗征服后成为蒙古一部。明朝泛指蒙古高原西部和阿尔泰山一带的部族。
1368年（明洪武元年）元帝退出大都，北迁上都。次年明军攻上都，元帝再次北逃。第二年明军又攻克应昌（今内蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近），元帝逃至和林，仍用元朝称号，史称北元。传至1402年（明建文四年）取消帝号称可汗，去国号称鞑靼，恢复了部族，但内部并不统一。明永乐初，瓦剌分为马哈木、太平、把秃孛思三部，明朝封为顺宁、贤义、安乐三王。鞑靼和瓦剌的范围大致有今内蒙古中部和西部、蒙古高原、阿尔泰山南麓和西伯利亚南部。
1436年（明正统元年），瓦剌顺宁王脱懽〔huān欢〕并吞贤义、安乐二王部落，统一瓦剌，两年后又控制了鞑靼。其子继立后，东取兀良哈三卫及建州女真各部，西掠沙州、赤斤蒙古、哈密等卫，1449年（明正统十四年）南下攻明，俘获明英宗。1453年（明景泰四年），也先自立为大元田盛大可汗，但两年后在内乱中被杀，蒙古又分裂。1480年（明成化十六年）鞑靼的达延汗（明朝称为小王子）继承汗位，出兵迫瓦剌西迁，又统一了蒙古各部。16世纪前期达延汗死后，又出现了割据局面。至16世纪后期，达延汗之孙土默特首领控制蒙古右翼，称阿勒坦（俺答）汗。阿勒坦汗在今内蒙古呼和浩特筑大板升城（明朝赐名归化），成为漠南地区的政治、经济、文化中心。
八 统一中国疆域的最终形成：清朝时期
1 东北地区的统一
建立清朝的爱新觉罗家族是东北女真人部落的一支，属于明朝建州卫的一部。永乐元年（公元1403年），明朝在今黑龙江依兰县一带设置建州卫，永乐十年又设建州左卫，以猛哥帖木儿（努尔哈赤六世祖）为指挥使，后升为都督佥事和右都督。建州卫和建州左卫几经迁徙，最后移置于今辽宁浑河支流苏子河流域。正统七年（公元1442年），明朝又增设建州右卫，与建州卫、建州左卫合称建州三卫。
万历三年（公元1575年）和十一年，明朝两次讨伐建州右卫指挥使王杲〔gǎo搞〕及其子阿台，努尔哈赤的祖父、建州左卫都指挥使叫场（觉昌安）和父亲、建州左卫指挥塔失（塔克世）均充当明总兵李成梁军的向导，在后一次战役中在古埒城（今沈阳市鼓楼村东北）遭明军误杀。为表示抚慰，努尔哈赤被任为建州左卫都指挥使。同年，努尔哈赤起兵攻打曾协助明军的苏克素护部首领尼堪外兰，报父祖之仇。在此后的11年间，努尔哈赤先后攻取或招抚了浑河流域和佟家江流域的栋鄂部、浑河上游的哲陈部、哈达河上游的完颜部、鸭绿江部、长白山北麓的珠舍里部和讷殷部。到1593年（明万历二十一年），努尔哈赤统一了建州女真各部。接着，努尔哈赤开始进攻海西女真的扈伦四部，1598年（明万历二十六年）征服安楚拉库路，开始经营东海诸部。1616年（明万历四十四年），努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁新宾县东）称汗，建金国，史称后金。不久又征服了叶赫河流域的叶赫部，于是扈伦四部全部归属后金。后金天命三年（公元1618年，明万历四十六年），努尔哈赤兴兵反明，接连大败明军。以后后金不仅不断攻占明朝在山海关外的据点，还多次越过长城，威胁北京，最南曾攻至徐州附近。天命九年，蒙古科尔沁部投降后金。天聪九年（公元1635年，明崇祯八年），后金出兵灭蒙古察哈尔余部。崇德元年（公元1636年），皇太极登位，改国号为清。接着又征服了索伦诸部，并完全吞并了东海诸部。到崇德八年（公元1643年），清朝的疆域已经扩大到明长城以北，包括今内蒙古、东北三省和俄罗斯北至外兴安岭以北、西起贝加尔湖、东至萨哈林岛（库页岛）间的地区。
2 从入关到平定台湾
明崇祯十七年（公元1644年，清顺治元年）三月，李自成军进入北京，崇祯皇帝自杀，明亡。明驻守山海关的宁远总兵吴三桂引清军入关，与清军一起，击败李自成军。五月，李自成军撤退，清军占领北京。九月，福临（清世祖）到达北京，十月即皇帝位，北京成为清朝的首都。清军分路进攻明朝残余政权和李自成、张献忠的农民政权：清军南下后，于顺治二年攻克扬州，渡长江，南京降，明福王（弘光帝）被俘。同年正月清军攻破潼关，入西安，李自成军节节败退，经商州、襄阳、武昌，李自成在湖北通山县九宫山被杀。顺治三年，清军攻入浙东，明鲁王逃亡入海。清军入闽，明唐王（隆武帝）被俘。十二月破广州，明绍武帝自杀。清兵入四川，张献忠在西充凤凰山中箭身亡。此后，明桂王（永历帝）与张献忠旧部、李自成余部在南方和西南抗清，张煌言、郑成功在东南沿海抗清，但抵不住清军的攻势，到顺治十六年（公元1659年）清军占领云南，明永历帝逃往缅甸。至此，除福建厦门、金门等地还在忠于明朝的郑成功手中外，清朝已经拥有明朝的全部疆域。
康熙二十二年（公元1683年），清军攻入台湾，郑成功之孙郑克塽〔shuǎng爽〕投降。次年，清朝在台湾设府、县、总兵等官，隶属于福建省。从此，长期由当地人民自治的台湾岛由大陆政权设置了正式政区。
早在元朝，已在台湾附近的澎湖岛设置了巡检司，负责这一带的海防和治安。但明朝初年将澎湖列岛的居民撤往大陆，并撤销了行政机构，所以澎湖逐渐成了以日本人为主的倭寇的根据地，福建、广东沿海的“海寇”也在澎湖、台湾一带活动。嘉靖年间（公元1522—1566年），明朝一度收复了澎湖，并重新设置行政机构，但不久又撤销了。尽管如此，明朝对澎湖列岛的管辖一直没有放弃。万历三十一年（公元1603年），荷兰人占领澎湖岛，明朝立即派兵将侵略者赶走。天启二年（公元1622年），荷兰人第二次占领澎湖，到天启四年明军又将他们赶走，并长期驻守，直到明末。
台湾岛与大陆的联系一向非常密切，在明代已有不少大陆人移居台湾，从嘉靖开始，大陆的“海寇”林道乾、颜思齐、郑芝龙（郑成功之父）等先后在台湾建立了自己的政权。明朝虽然没有在岛上设立行政区，但明军在追剿“海寇”时不止一次进入台湾，并一直将台湾及附近海面列为军事防区。荷兰人第二次被从澎湖驱逐后，就转入台湾，侵占了台南一带。1626年（明天启六年），西班牙人侵占了台北一带。当时，郑芝龙在台湾中部的北港一带建有政权，本地的部族大多由自己的首领治理。1642年（明崇祯十五年），趁郑芝龙的活动转向大陆之机，荷兰侵略者独占了台湾。1661年（清顺治十八年），郑成功在大陆抗清不利，决定改以台湾为基地，因此从厦门出兵，驱逐荷兰侵略者。次年初，荷兰侵略者投降后退出，郑成功与子郑经在台湾和澎湖设置了三个安抚司和下属的府、州，建立了继续忠于明朝的地方政权，直到1683年（清康熙二十二年）。
3 击败噶尔丹，蒙古归一统
在公元17世纪初，漠北的喀尔喀蒙古（大致分布在今蒙古国境内）分为三部：土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗。康熙二十七年（公元1688年）三部发生内乱，准噶尔王噶尔丹乘机入侵。三部联合抵抗，但领土仍被噶尔丹侵占，只得南迁漠南（今内蒙古），投入清朝求援。康熙二十九年噶尔丹进扰漠南，康熙帝下令亲征，开始了对噶尔丹的全面反击。清朝对噶尔丹的反击不仅是为了保卫漠南，收复漠北，而且关系到自己的生存。因为当时准噶尔的势力已经非常强大，成为清朝最大的威胁。
准噶尔是瓦剌的一部。瓦剌到清朝被称为卫拉特，亦作额鲁特、厄鲁特，在17世纪初分为杜尔伯特、准噶尔、土尔扈特、和硕特四部，先后并吞了亦力把里、吉利吉思、哈萨克、叶尔羌、土鲁番诸部。其中和硕特部的固始汗一支，自今新疆乌鲁木齐一带迁至今青海和套西（河套以西，今内蒙古蹬口以西地），于1642年（明崇祯十五年）率军进入西藏，灭了藏巴汗，与五世达赖喇嘛共治西藏。准噶尔部兴起后，强占了和硕特部原有的自今伊犁至乌鲁木齐的牧地，迫使土尔扈特部从塔尔巴哈台附近的雅尔（今哈萨克斯坦塔尔巴哈山以南、阿拉湖以北一带）西迁到额济勒河（今伏尔加河）下游，胁迫杜尔伯特部（原在额尔齐斯河上游）中的辉特部迁往塔尔巴哈台。到17世纪70年代以后，准噶尔部实际上控制了其他三部（土尔扈特部西迁后为辉特部），占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肃西部、内蒙古西部和北部以及境外西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至蒙古高原的广大范围。
康熙二十九年（公元1690年），清军在乌兰布通（今内蒙古赤峰市西北）大败噶尔丹。次年，康熙帝到多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。康熙三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。
当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。康熙三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。
4 对西藏主权的确立
在清朝统一蒙古以前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从公元16世纪后期开始喇嘛教已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦汗（公元1507—1582年）占领青海以后，喇嘛教就传到蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉措（锁南坚错），尊为达赖喇嘛（三世），又将他迎至归化传教。从此，喇嘛教格鲁派（黄教）就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后四世达赖派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为蒙古活佛。1642年（明崇祯十五年，清崇德七年），蒙古和硕特部首领固始汗率军进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。1645年（清顺治二年），固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅（前三世出于追认），驻后藏扎什伦布寺。至此在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。
由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年（公元1647年），清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。顺治九年，达赖到北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。康熙四十八年（公元1709年），清朝派侍郎赫寿入藏协助拉藏汗管理地方事务。康熙五十二年（公元1713年），五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。
噶尔丹死后，清朝让策妄阿喇布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿喇布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、和硕特和辉特部等各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年（公元1717年），准噶尔的策零敦多布率6000军队从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立的达赖。康熙五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。康熙五十九年，清军从青海和四川分两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。
雍正六年（公元1728年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆十六年（公元1751年），设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在乾隆五十七年击退入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事宜的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大活佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）的办法，并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高长官）以下的僧俗官员必须由大臣任免。《藏内善后章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役及对外事宜等都作了明确的规定。
5 天山南北路归入版图，极盛疆域最终形成
雍正五年（公元1727年），策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能彻底平定。乾隆十年（公元1745年）噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。乾隆十九年，乾隆帝决定趁机出兵，以结束数十年未了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分两路进兵，不久就进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年，清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回（维吾尔）部首领大小和卓木企图割据，清朝出兵，在乾隆二十四年攻入喀什噶尔（今新疆喀什市）和叶尔羌（今新疆莎车县），大小和卓木逃往巴达克山部被杀。天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年（公元1689年），清朝与俄国订立了《中俄尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。因为当时清朝还没有平定外蒙古，所以中段的界线无法划定。雍正五年（公元1727年），清朝与俄国签订《中俄布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河（今海拉尔河）相交处的阿巴该图，经恰克图（今俄罗斯境内的恰克图及蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至沙必乃达巴汉（一作沙宾达巴哈，今俄罗斯西萨彦岭）的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近2000年，中国终于形成了一个北起萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有1000多万平方公里国土的空前统一的国家。
清朝全盛时的疆域分为25个一级政区和内蒙古盟旗：内地十八省，下辖府、州、县、厅，西南几省还保留一些土司土官；盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台（外蒙古）五个将军辖区，或以驻防机构兼理民政，或同时设有民政机构，或保留一些类似土司的当地世袭首领；内蒙古六盟、西套蒙古和察哈尔，下设盟旗，与外蒙古相同，但由中央的理藩院直辖；西宁办事大臣，下辖厄鲁特二十九旗和玉树等四十族土司，前者用蒙古盟旗制，后者用西南土司制；西藏办事大臣，统辖卫、藏