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这些情况要求有一套适合于政府科学家的特殊规则，或者要求在执行现行通用规则时要小心谨慎。这方面已做了许多工作，然而仍可作更大努力，即使对于政府系统的法令，也一定要按照限制政治干扰和消灭各种歧视的原则加以制定，以便为政府科学创造合适的组织条件。这些法令上的转变，将有助于使政府成为对科学家更具吸引力的职业，并进而有助于提高政府科学研究的一般水平。
但是，还存在着阻碍政府科学发展的第二种组织困难，这种困难也存在于工业和大学的科层制结构的研究组织之中，这种困难指的是科学自主性所需条件与正式社会组织的管理需求之间的冲突。关于这类问题，政府研究组织也做了许多改善工作，以便使这类组织成为提高国家福利的更有效的工具。
首先考虑政府科学研究的财政与计划问题，与其它研究组织一样，政府科学的管理者必须提前对研究预算作出计划，并对各项开支作出说明，他们发现在完成这二项工作时，应用研究部分总比比较基础的研究部分容易一些。现在，所有的政府预算拨款（包括对科学拨款在内）以年度为基础，并加以很专门的描述和证明，但是大量的科学研究，甚至应用科学研究，在进行研究之前很难作出详细描述，而按年度为基础作出计划则更难。当然作为政府科学家也要理解管理者在制定研究预算方案时的困难，因为这些预算方案要经组织总裁和国会的批准。但是，为了给研究尤其是基础研究以必要的连续性，希望至少使部分政府研究以三年或五年为基础作预算方案。如果不能承诺比较长期的财政支持，通常难以雇佣科学家，并肯定会造成配置设备的浪费。同时还希望使一些政府研究的拨款以大项目大笔款项进行，而不要分散成许多小项目，小笔款项。按照总统理事会的说法，就科学而论，目前的政府预算和核计“按钱和管理者、科学家的时间与能量来说是奢侈的”。总的来说，国会只愿意拨款给相当专门的研究，很少对政府科学组织认为必要的一些研究作出官方允诺。然而，最近给了海军研究办公室这种允诺，这一实践可能适当地推广到其它行政执行机构。国会在此问题上面临二难境地，一方面日益意识到长期的基础研究的重要性，另一方面又不愿放弃通过拨款而对其它行政机构实施的控制权。如果政府对科学的预算拨款仍继续以年度会计计划进 行，则政府研究组织的管理者将只能按与国会的法律一致的方式行事，而不是与科学研究本身相协调。
目前，政府科学中管理需求与科学自主性之间的最大冲突或许就在于政府日益要求对研究实施保密这一问题上。就是由于这一要求，许多科学家不愿替政府工作，因为这一要求与科学价值相抵触，然而另一方面，现在的大量政府研究，尤其是国防方面的项目，保密又是必需的，至少国会是这么想的。关键的困难之处是确定哪些工作必须保密，哪些工作不必保密。一方面，管理条令强调使保密限制更严厉和广泛；另一方面，科学价值倾向于一律拒斥所有保密条令，似乎应该在这二种体制规范之间划出一条保密的界线，而划这条线又是艰难的，因为总是很难精确权衡科学的相对利益和国防保密的相对要求。这些困难的消除只能通过行政管理者与由于他们的价值和作用而身负各种压力的科学家之间达成互相谅解，如果管理者学会为科学家的反保密价值提供尽可能广阔的天地，那么反过来，科学家也必定学会承认管理者身负的保密责任。
管理需求与科学利益之间的另一问题是，对在政府科学组织中所做的工作的评价存在差异。显然，科学工作必须经受所有政府工作都要经历的一些行政上和法令上的审查，通常这种审查是粗略的，并且不问具体的科学研究就通过了。但有时使用的不是科学的评价标准，而是比方说对国会的可接受性标准，有时干脆全部采用模糊的行政评价标准，这样就使正在工作的政府科学家碰到麻烦事。关于“如何评价研究工作？”这一问题，总统理事会对几个政府科学机构的一次演讲，试图对此问题作出令人满意的答复，但是该演讲却认为，“这个陈述特别模糊且无助于增长知识”。有些研究机构由顾问委员会评价工作，顾问委员会能够既考虑科学能力的标准，又兼顾较易应用的有关直接效用的行政标准。把效用作为评价标准必然对政府科学有压力，没有理由把对基础科学的促进这一标准排斥在评价标准之外，我们已经发现，无论是工业科学还是政府科学，过分强调直接实用性从长远来看得不偿失。看来在使国会确信基础研究的价值问题上，政府科学的管理者仍有许多工作可做。海军研究办公室（简写为O。N。R．）在管理科学组织时也碰到这些困难，他们尝试提出各种解决方案，它的经验对于其它政府科学机构是有益的。比如，海军研究办公室请著名的非政府科学家当那些实施研究计划的人的专家顾问，该顾问只关心科学问题，而不涉及行政，只在需要的时候和地方发挥作用，这一方法有效地利用了业余平民科学家。通过把全时研究人员的非科学职责降到最低限度，海军研究办公室寻求最大限度地利用他们的方法。比如，在绝对需要科学家兼任管理者的地方，就配备一名专职管理助手，帮助科学家完成非科学任务中最程序化的部分。如果可能的话，海军研究办公室在研究规划中尽量减少让成熟科学家去干低水平的科学工作，这些工作指派给帮手或实验室助手，由他们提供许多誊写和统计方面的工作。总之，其目的是想把海军研究实验室组织得使每一位科学人员人尽其能、充分利用时间。显然这是困难的，因为实验不像由半熟练工人操作的生产线，其中的工人很容易接受培训、被替代或辞掉。一个达到最大限度发挥实际才能的途径是扩大超出单一实验室的人事流动范围，甚至在机构之间流动，如流动出海军研究办公室。这样，科学家就可以在各种工作、实验室与机构之间流动，以便找到一个既有利于政府又有利于个人的能充分发挥特长的地方。当然，秩序的可塑性是有限的，对于政府科学来说，一定程度的流动或许是切实可行的。
上述关于人员流动的建议表明，行政需求与科学自主性之间进一步整合的途径可能部分来自多个政府科学机构之间的更好的协调，这种协调已经发生了。不仅通过非正式的联络和信息交流，而且通过正式的机构间委员会（inter－agency
mitte－es）。科学家在政府组织之间流动也为了寻求更好的机会。这样，似乎需要一个正式的对政府科学负一般的有限责任的监督机构，这将是自然科学基金会的功能之一，它的其它功能（对民用科学）将在下面讨论。但是，对政府机构之间的协调在促进政府科学的提高中的作用，不应该夸大，因为政府科学组织很多，进行的科学研究也繁多，这明显地限制了机构之间的有效协调，正象虎文委员会（the
Hoover mission）的报告所显示的，政府的科学研究活动，与许多其它研究活动一样，仍然大有改进的余地。
政府机构之间的协调还有另一问题，这个问题超出了科学的范围，然而与科学关系甚切。这个问题就是政府科学家与军队高层计划者之间的关系，这一关系明显地仍然没有达到应该达到的满意程度。二次大战期间，科学家管理者（scientist－administrators）发现，有许多事件只有他们才能参与，科学可用于国防的目的。战时存在这种需要，现在同样存在着把科学家合并入研究最高级战略计划的军事小组的需要。当然，只有军事与外交政策小组对最终决定负责，在原子弹和氢弹事件中，由总统本人亲自负责。作出决策并不是科学家的事情，但是，科学家的知识和预言日益成为这些战略决策的必要部分。因而，任何使美国科学协调成一个整体的计划，必须为政府科学与更广泛范围的国家政治决定之间的有效整合作准备。
直到目前，在谈及政府科学时我们都略去了原子能委员会（the
Atomic Energy mision）所做的工作，或许该说说它了，尽管在很大程度上按国会章程这是保密的。虽然我们所知详情甚少，但我们确实知道这一点，即随着原子能委员会（几乎只面向纯科学研究）的建立，和平时期的政府科学在规模和重要性上都进入了一个新时期，战争期间，原子能科学发展成熟，其速度可能是人类历史上其它所有重大发现无与伦比的。虽然战时的大规模研究计划，现在有些已停止了，但作为科学与工程上的努力仍延续着。原子能委员会的目的由其成员史密斯教授表述于下：“首先，制造更多更好的武器；第二，发展原子能的和平利用；第三，增强国家的科学力量，这从长远来看可以支持前二个目的”。
这些目标显然既需要纯科学又需要应用科学，因而该委员会成立了若干国家实验室（National
Laboratories），以便最有效地进行各种必需的科学研究工作。这类实验室共五个，不太为人所知然而却容纳了大量科学家，它们是，伯克利（加利福尼亚）、洛斯·阿拉莫斯（西南）、橡树岭（东南）、阿贡（芝加哥）、布鲁克海文（东北）。这五个实验室中，只有伯克利国家实验室战前就已存在，那时它是全美大学最大的核物理研究中心，战时该实验室的目标没多大改变，只不过规模更大。战发以后，它就几乎全部由原子能委员会提供津贴，尽管如此，委员会对它的控制却较弱，主要仍由初时创始的大学科学家一手把持，结果，该实验室仍进行了许多基础研究。相反，洛斯·阿拉莫斯实验室战时创立，专门进行关于原子弹本身的应用性研究。阿贡实验室与芝加哥地区的大学（芝加哥大学、西北大学、伊利诺大学和印地安那大学）有密切联系，战时（及以后）是一个核反应堆实验室，主要进行纯研究。橡树岭实验室也是战时的产物，此实验室有多种功能，既是服务性的又是研究性的。最后一个是位于纽约附近的布鲁克海文实验室，它是战争刚结束时建立的，主要是为了安置东北地区部分大学的大量科学家，这些科学家在布鲁克海文进行主要是业余的几乎全部是基础的研究。没有哪一个大学能建设起像布鲁克海文实验室所具有的研究设备，然而如果大学想进行与原子能有关的物理学研究，这些设备又是必需的。布鲁克海文实验室研究人员的不断轮换，使大学与政府科学之间建立了紧密的不间断的联系。
管理像原子能委员会国家实验室那么大的科学研究组织，困难显然是很大的。幸运的是委员会的成员部分是经验丰富的科学家，对科学本身和大规模研究组织的问题都知道一些。该委员会的一位成员说，他们知道繁荣纯科学与应用科学的不同条件；他们知道“大”科学的危险性：规模太大、繁文缛节和没有输入新鲜血液。他们甚至意识到，如果成功，可能会从大学吸引更多的科学天才。现在美国科学的未来很大程度上依赖于原子能委员会国家实验室，这不仅因为他们所做出的科学发现，而且还因为他们在实现大学与政府科学家之间的整合时采用了有效的组织配置这一技巧。
原子能委员会并不是唯一使用外界研究设备的一个政府机构。美国工业界接受了来自大学和政府的协助研究，与此相同，许多政府研究机构也在利用大学和工业的研究条件。事实上，所有美国政府的科学机构以赠款、签订契约、捐奖学金等方式支持各类非联邦组织的研究。现在，外部科研组织为政府所搞的大部分研究也是军事方面的，如，提交给1948年美国物理学会春季会议的所有论文的近百分之八十来自海军研究办公室资助的项目。在比较早就有研究机构的各部，如农业部、内政部和商业部中，利用外部协助的程度远不如国防部频繁，事实上，战争期间，这些部实际参与帮助完成军事项目的研究。
政府与大学组织和工业组织之间在研究上的关系，带来了一些特殊问题，其中之一是制定关于赠款和签订契约的标准化程序，以便双方利益能保持一致。一般来说，在研究结果难以确定的情况下，如大学的基础科学研究，政府就赐与基金，有具体条款的契约对应用研究较易实现。即使有上述灵活性，政府预算程序中有时仍给外部研究机构施加一些计划上的困难，像他们对待政府内的科研组织一样。许多研究项目不可能在三、五年内加以计划并执行，而联邦赠款，像联邦拨款一样，只限于一年。同对政府内的组织一样，希望在这方面能有一些政策上的变化。
在赠款与签订契约的过程中，管理问题特别重要。现在政府对外界研究机构的赠款数目甚大，这就需要聘请最好的管理者兼科学家来统一监督管理。私人慈善基金会为科学研究提供了大量津贴，他们早就认识到聪明地花钱是很难的，因而选择最能干的人作为基金会的管理者，并支付给高薪。政府机构也必须选择最优秀的人才来管理资助计划。
我们曾提到过政府与大学和工业组织的研究关系中出现的另一个问题，即由于与日俱增地使用外界研究设备，政府主持的研究中出现了大量可申请专利的发明，这就提出了如何制定恰当的专利政策的问题，如在大学中一样。专利问题对政府来说并不比大学是一个更新的问题，但是却是一个更紧迫的事情。一个讨论指出，“怎样处理联邦研究的专利权，使之更好地为公众利益服务，这是一个过去四十年间政府各部门一直沉思和争论的问题”。在此期间，政府对专利政策作了大量研究，最近一份研究由司法部在战争刚结束时完成，“根据研究结果，安托尼将军（Attorney
General）于1947年5月份向总统提交了一份综合性报告，建议把政府应占有并控制所有由联邦基金资助的技术作为基本政策”。但是，来自为政府做研究工作的工业企业对这个政策的反对呼声很强烈，因而此建议没有被政府采纳。工业研究的董事们认为，如此之政策只能使工业为政府做研究和发展工作成为不可能。结果，政府同意工业和大学在处理专利权时有可变性和特殊性。除非政府与工业之间的关系特点有重大变化，否则安托尼将军建议的政策就不可能经国会通过成为法律。
最后，我们考虑政府科学中的最后一个问题。即使还在战争结束以前，两个事实对美国政府中那些对科学的使用负责任的人产生深刻印象，第一个事实是科学对于和平时期及战时美国社会的福利具有极端重要性；第二个事实是只有政府才能为维持美国科学的高水平（质量与生产率）提供足够的基金。大学研究资金的减少尤其可能抑制科学的一般进程。私人的礼物和资本家投资的回报已不再是大学科学研究的足够资金来源，尤其在面临通货膨胀时更是如此。虽然这类资助的钱数目仍较大，而且对大学具有重要意义，然而如果没有政府的资助，大学就不可能进行政府要求他们做的一些研究。
承认这二个事实，使日益增多的政府科学家和处于领导岗位的科学家感觉到，政府应该呈现新的功能，即对美国科学的整体方向及彼此协调负起责任。在我们多次提及的总统科学研究理事会的报告和瓦涅瓦·布什的报告《科学，无穷的止境的前沿》中，都明确地表达了这些建议。新的科学的社会组织的图景是存在的，至少某些美国人已预见到这种可能性。总统科学研究理事会所提出的建议有：美国必须扩大科学经费，增加受训科学家；今后，必须着重致力于纯研究而非应用研究，前者相对较薄弱；为了实现这一目标，政府必须逐渐增加对大学纯研究的津贴；政府也应该为学科学的大学生和研究生设立大量的奖学金，奖学金获得者选择自己的专业领域；政府应该任命一个委员会，以协调各政府机构之间的研究；委员会成员应包括平民科学家和政府科学家；最后，政府应成立一个叫国家科学基金会（the
National Science Foundation）的组织，以统一管理各种科学活动。
这些总规划的不同部分分别在不同时间被认识�