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这段时期，日本对外贸易几乎被切断。葡萄牙探险家本着贸易和征服的目的绕过非洲，于1498年抵达印度，1512年来到摩鹿加，1514年到中国，然后于1543年登陆日本。最初来到日本的欧洲人只是两个遭遇海难的船员，但洋枪从此引进日本。六年后，天主教传教士的到来给日本带来更大的影响，有数十万民众信奉基督教，其中还包括一些大名。由于耶稣会和方济各会明争暗斗，民间流言四起，传闻将日本变为基督教国家只是欧洲人准备吞并日本的序曲。
1579年，丰臣秀吉镇压了26名日本最早的基督徒。其后信奉基督教的大名有的向官员贿赂，有的暗杀官员。因此，德川家康认为欧洲人和基督教威胁到幕府和日本的稳定。（回顾历史，欧洲人在中国和印度等国都是先打着通商和传教的幌子，然后再进行军事侵略。因此德川家康的欧洲威胁论的确有远见。）1614年，德川家康颁布禁教令，开始屠杀传教士和那些拒绝脱离基督教的信徒。1635年，幕府政府变本加厉，施行锁国政策，禁止日本国民离开本土，也不允许日本船离开日本海域。四年后，更是把所有滞留在日本的葡萄牙人全部驱逐出境。
从此日本开始了长达两个多世纪的闭关自守，只同中国、朝鲜和荷兰保持着有限的贸易来往（因为荷兰人声明决不传教）。但荷兰人的活动范围仅仅限制在一个叫长崎的小岛。其他贸易地点还包括位于日本和朝鲜之间的对马岛（用来和朝鲜通商）、南面的琉球（包括冲绳），以及北面虾夷人集聚的北海道（当时还不算日本的一部分）。除此以外，日本甚至没有与任何一个国家维持外交关系，连中国也没有。自1590年代起，丰臣秀吉两度出征朝鲜，皆战败而归，此后再没有向外发动侵略。
在闭关自守的两个世纪中，日本基本上能够自给自足，特别是自产的粮食、木材和大多数金属足以应付一时之需。进口物资大多为糖、香料、人参、药材、水银、每年160吨昂贵的木材、中国生丝、鹿皮等用以制造皮革的动物毛皮（因为日本国内牛数量有限）和用来制造火药的铅与硝石。而随着日本国内自产生丝和糖产量的提高，相关物资的进口量逐年下降，由于火枪被禁止使用，因此火药原料的进口也少了。这种自给自足的局面一直持续到1853年，美国海军准将佩里率领舰队逼迫日本打开国门，要求准许美国捕鲸船和商船在日本港口停靠，以便补给燃料和食物。面对西方人的坚船利炮，德川幕府显然心有余而力不足，无法保护日本。1868年，幕府统治被推翻。从此，日本自一个半封建社会迅速转变为现代国家。
然而17世纪的和平与繁荣导致人口过分膨胀，木材需求提高（几乎所有木材都是国产的），从而出现滥伐森林现象，导致生态环境遭到破坏。19世纪晚期之前，日本大多数的建筑都为木质结构，而不是用石头、砖块、水泥、泥土和瓦片。木质建筑是日本的传统，一部分因为日本人对木头的偏好，也可能是由于日本早期森林面积广阔，于是给人取之不尽的假象。社会安定繁荣，随着城市和乡村人口激增，建筑木材需求量加大。自1570年左右起，丰臣秀吉和其后的德川家康，还有许多大名竞相建造大型城池和庙宇，以此展现雄伟壮观的气势。单单为了德川家康修筑的三大城池就砍伐了10平方英里的森林。在丰臣秀吉、德川家康和他儿子德川秀忠统治时期，日本总共兴建了200多个城镇。德川家康死后，建造城镇所需的木材甚至比贵族大兴土木所用的还要多，这是因为城里的房屋鳞次栉比，都是木质结构，用茅草覆顶，冬日用火炉取暖时，很容易引发大片火灾。最大的一次火灾是1657年的明历大火［1］〖〗［1］明历大火发生在明历三年正月十八。——译者，半个江户城都毁于一炬，死者多达十万人。重建江户所需的大部分木材都由海船运过来，而打造海船又需要大量的木材。同时丰臣秀吉远征朝鲜，也需要大量的木材造船。
德川幕府的难题（2）
建筑木材并非是日本人滥伐森林的惟一动机。木头也可用于做燃料，除了取暖和烹煮外，制盐、烧制砖瓦和陶器等工业也需要大量薪柴。木头还被制成木炭用来打铁。另外，人口增加，需要更多的粮食，所以更多的林地被清理出来作为农田。农民们施用“绿肥”（叶子、树皮和树枝），也以草秣（灌木和青草）来喂养牛马，不管是绿肥还是草秣均取自于森林。每英亩农田需要5至10英亩的森林提供绿肥。在1615年战国时代结束以前，大名和将军都以草秣喂战马，削竹子制武器，大量利用森林资源。拥有森林的大名每年必须向幕府将军进贡木材。
1570年至1650年间是日本建筑热潮的鼎盛时期，也是滥伐森林最猖獗的时期。其后由于木材渐缺，建筑热潮也慢慢降下温来。起初砍伐树木只要得到将军或大名的命令即可，如果农民需要用木，也可以上山自行砍伐。到1660年，私人企业的伐木量已远超过官府。例如，江户发生另一场大火时，一个远近闻名的私人木材商纪伊国屋文左卫门预料到木材需求会大涨，于是大火尚未扑灭，他就已经启程前往购买大量木材，准备回江户大发一笔横财。
日本森林消失的最初迹象大约始于公元800年，本州岛上畿内盆地的森林被砍伐殆尽。本州岛是日本最大的岛屿，像大阪和京都这些大城市都位于该岛。公元1000年，本州岛附近面积较小的四国岛上的森林也呈现出逐年消失的趋向。到了1550年，日本四分之一的林地上的树木都被砍光（主要是本州岛中部和四国的），其他地区还有一些低地森林和老龄森林。
1582年，丰臣秀吉大兴土木，由于领地内木材不够，因此成为第一个在全国范围内征收木材的统治者。他控制了一部分日本最具经济价值的森林，而且每年所有的大名都必须向他进贡木材。将军和大名除了拥有自己领地内的森林外，还能将村子或私人林地上的珍稀树种占为己有。幕府为了运输木材，不惜清除河道上所有的障碍物，以便让原木漂流而下，然后再装船运往城里的港口。日本三大岛上伐木成风，从九州岛南端到四国，一路延伸至本州岛北端。到1678年，伐木之风已然扩散到北海道的南端，当时北海道并不属于日本领土。1710年，日本三大岛（本州岛、四国和九州岛）和北海道南部的森林差不多已经砍伐殆尽，只剩下陡峭险峻之地和以当时技术很难运送下山的地方的老龄木。
森林的消失沉重打击了德川幕府时代的日本，除了木材、燃料和草秣短缺外，大型建筑也不得不停工。村子间或同村人抢夺木材和燃料的争斗不断升级，甚至在大名之间或大名和幕府间也会为木材而反目。对河流的用途也出现意见分歧，有人要用河流运送原木，有人则想在河边钓鱼或用河水灌溉作物。正如我们在蒙大拿所见，次生林比老龄木更容易招致野火，酿成森林火灾。此外，日本雨水、雪水丰富，地震频发，因此一旦斜坡上的林木被清除，土壤侵蚀的问题就会变本加厉，低地遭受洪水的概率也会增大。与此同时，土壤侵蚀和泥沙淤积也会使低地灌溉系统的水位增高，如此一来，暴风雨引发的破坏就会更加严重。森林消失自然减少绿肥和草秣的数量，从而进一步影响作物产量，而同一时期，人口却在不断增长。因此，17世纪以来，德川幕府统治下的日本经历过数次大饥荒。
德川幕府的对策（1）
1657年发生“明历大火”事件，重建首都江户需要大量的木材，再加上城市人口过分膨胀，德川幕府因此意识到国内木材和其他资源短缺的危机已经变得非常严重。这样下去日本可能会成为另一个复活节岛。然而，事实上，在接下来的两个世纪，日本的人口数量逐渐趋于稳定，资源消耗的速度也在可承受的范围。这种转变是由好几代将军通过“由上而下”的管理方式达到的。他们崇尚儒家思想，提倡节俭和积累，因此使日本逃过一劫。
部分转变包括对海产品的依赖加强，以及与虾夷人进行食物贸易，因此农业压力得以减轻。同时他们也采用新的渔业技术，例如使用大型鱼网、进行深水捕捞。大名们和各村落所拥有的土地从此也包括与他们土地相连的海域，他们必须对此严加控制，不准任何人过分捕捞，以免造成海洋资源枯竭。由于政府的干预，越来越少人利用森林作为作物所需的绿肥来源，改为用鱼来做肥料。此外，他们也开始捕猎海洋哺乳动物（鲸鱼、海豹和海獭），并组建了渔业协会，用以资助必要的船只、设备和大量劳动力。他们与北海道虾夷人的贸易范围也扩大许多，虾夷人以烟熏三文鱼、海参干、鲍鱼、海藻、鹿皮和海獭皮与日本人交换米、清酒、香烟和棉布。其结果是北海道的三文鱼和鹿大量减少，虾夷人无法再靠狩猎来支持自给自足的生活，而是依赖于日本输入进口品，虾夷人最终因经济崩溃、传染病和军事征服走向消亡。因此，德川幕府为了解决日本资源枯竭的问题，其中一个手段就是耗尽其他地区的资源（直到19世纪，北海道才被划入日本版图）。当时的日本和现代许多第一世界发达国家一样，为了解决自身的资源问题，不惜耗尽他国的资源。
另一个转变是人口接近零增长。在1721年到1828年间，日本的人口从26100000仅增长到27200000。与几百年前相比，18、19世纪的日本人采取晚婚、延长哺乳期、通过闭经拉长生育间隔、避孕、堕胎和弑婴等手段来控制人口。出生率下降也反映出一般老百姓在面临粮食等资源短缺时自身作出的应对行为。在德川幕府时代，米价与出生率成反比。
其他的转变还体现在减少木材使用量。从17世纪晚期开始，在燃料上，木炭取代木头；在建造房屋上，轻型构架取代重型木材；在烹煮食物上，节能的炉子取代开放式火炉；在取暖上，易携带的小型木炭暖炉取代在屋里生火，另外再充分利用阳光来为房屋保暖。
许多“由上而下”的决策旨在矫正伐木和种树之间的不平衡，其中除了减少砍伐外，同时也积极种树。统治阶级开始重视环境管理的最初迹象是在1666年，即明历大火的9年后，幕府发布告示，警告民众滥伐森林将带来土壤侵蚀、溪流淤积和洪水等问题，并强烈要求大家多种树。几乎同一时期，日本全国上下开始行动，社会各阶层均不得任意砍伐森林。到18世纪，全国林地管理体系已经建立起来。借历史学家康拉德·托曼的话而言，这一体系着重于“谁能够做什么、地点、时间、怎么做、要花费多少钱，以及预算多少”。所以，德川幕府时代治理日本森林问题的第一个步骤是消极地减少砍伐数目，这样做虽然会导致林木产量比以前减少，但至少可以争取时间，避免问题进一步恶化。与此同时，德川幕府下令社会各阶层不得争夺日益稀少的森林资源。
这种消极回应主要针对木材供应链的三个环节： 林地管理、木材运输和城镇的木材消耗。在第一个环节中，由于幕府将军直接掌控日本四分之一的森林，于是他从财务省指派一名资深官员负责管理他的森林，然后对250位大名拥有的森林也分别派去山林奉行。这些山林奉行们将已遭砍伐的林地进行封锁，使森林得以再生；如有农民需要砍伐树木或在政府林地饲养牲畜，都必须得到山林奉行的许可；同时严禁山民焚林辟地。至于不属于将军或大名的村属林地，就由村里的头领来管理。森林是全村的共有财产，供所有村民使用，但必须遵守砍伐规则，禁止外人砍伐，另外雇用守卫保护森林。
将军和大名们负责森林管理中每项事物登记在册所需的费用，以江户西北部800英里外轻井泽附近的一片林地为例，山林奉行所做的记录之详尽，令人叹为观止。1773年，这片林地面积约为2986平方英里，共有4114棵树，其中573棵树呈弯曲或多结，3541棵树生长良好。这4114棵树中，78棵为大型针叶树（66棵良好），树干长24—36英尺，树围长6—7英尺；293棵中型针叶树（253棵良好），树围长4—5英尺；255棵生长良好的小型针叶树，树干长6—18英尺，树围长1—3英尺，预计于1778年砍伐；另外1474棵小型针叶树（1344棵良好），预计于1778年后再砍伐；120棵中型山脊针叶树（104棵良好），树干长15—18英尺，树围长3—4英尺；15棵小型山脊针叶树，树干长12—24英尺，树围长8英寸至1英尺，预计于1778年砍伐；320棵小型山脊针叶树（241棵良好），预计于1778年后再砍伐。448棵橡树（412棵良好），树干长12—24英尺，树围长3—55英尺，还有1126棵树此处不再一一详列。这种计算方式体现出极端的由上而下的管理方式，没有一个农民敢随意砍伐。
第二个环节是将军和大名在要道和河流处设置关卡，仔细检查运木船，确保人人遵守林木管理规则。最后一个环节是一旦有树被砍伐，必须先经过关卡检查，了解为谁砍伐、为何砍伐。经济价值高的杉木和橡木专供幕府使用，农民很难得到。建造房屋所用的木材数量取决于屋主的社会地位： 管理多个村子的大庄屋［1］〖〗［1］大庄屋为管辖几个村的乡长；庄屋为一村之长；组头是副职，辅助庄屋管理村内政务。——译者可用30间（1间指6英尺长的木梁），大庄屋的继承人可用18间，庄屋可用12间，组头可用8间，交纳税金的农民可用6间，而普通农民和渔民只有4间。将军颁布一些法令，规定何种木材做较小用途。例如，1663年幕府勒令江户的木匠禁止使用杉木和丝柏木制作小木盒，也不准用杉木制造家用器皿，但大木箱除外。1668年，将军更进一步禁止用杉木和丝柏木等上好木材做公共标志牌。38年后，大型松树也不得用于新年装饰。
德川幕府的对策（2）
以上这些均为解决日本森林危机的消极手段，其目的在于确保林木只有在将军和大名的规定范围内才可使用。同时，将军和大名也停止滥伐森林的行为。除此之外，完整的解决方案还包括积极种树，防止土壤侵蚀。日本从17世纪发展出一套详尽的科学育林法。幕府和商人们雇佣森林学家对森林进行观察和实验，并在有关育林法的期刊和手册上发表研究结果。1697年，宫崎安贞编写了日本第一部最重要的农书《农业全书》，该书详述了如何收集、提取、干燥、贮存和准备种子；如何平整、施肥、碎土和拌匀苗床；播种前如何浸泡种子；播种后如何用稻草覆盖；如何拔除苗床上的杂草；如何移植和间隔幼苗；4年后如何将发育不良的幼苗拔除，补种新苗；如何扩大间距；如何修剪树枝，促使树干高大挺拔。种植树木除了用种子繁殖外，还可使用移栽幼枝或萌芽更新法（使砍伐后的树桩再发新枝）。
渐渐地，日本独自发展出培育人工林的想法： 将树木视为一种成长缓慢的作物。政府和私人都开始购地或租地来培育森林，特别是在具有经济价值的地区，比如有木材需求的城市附近。从一方面来看，人工育林成本高、风险大，需要大量资金，不但前期需要花重金雇用工人种树，往后几十年还得投入更多的资金用于照料树林，一直要等到树木成材后投资方能收回。在树木成长期间，任何时候都可能因为火灾或病虫害而惨遭损失；而在树木播种之初，又难以预测几十年后木材市场的价格波动。从另一方面来看，人工林有几大好处是天然林无法与之相比的。首先，培育人工林可以只选择栽种具有经济价值的树种。其次，可以提高树木的质量，以获得更高的售价，例如通过修剪树枝使树干又长又直。第三，可以选择靠近城市或河流的地方来种树，以方便用河流运输木材，如果是从偏远山区把原木运下山，运输费用会很高。最后，培育人工林可以自行控制树木栽种间隔，统一规划，能够减少后期的砍伐费用。有些日本人工林的木材能做特殊用途，闻名遐迩，因此价格也高，如吉野林场以出产制作酒桶（贮存清酒）最好的板材而闻名。
日本人工育林的兴起得益于公平统一的机构在全国范围内以同样的方法执行。不像当时的欧洲，四分五裂成数百个公国或王国，而幕府时代的日本是一个由集权政府统治的国家。西南部属于亚热带气候，北部则是温带气候，整个国家总体上多雨潮湿，地形陡峭，属于火山地形。一边是崇山峻岭，一边是平原农田，为人工育林提供了一致的生态环境。传统上，日本的森林有多种用途，木材大都归贵族使用，农民从森林里捡拾肥料、草秣和燃料。人工林专门用于生产木材，其他用途只限制在不影响木材生产的前提下。此外还雇用守山人保护森林，以避免非法砍伐。因此，日本人工林在