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教会中活着，后者不但继承了前者的组织结构，并且承袭了大一统主义（universalist）的理想。罗马主教觉得要取得世界大主教的位置和逐渐加强统一的纪律，比以前不知要容易多少倍，因为就是野蛮民族也得尊仰罗马为他们的首都、他们的圣城，并奉凯撒为他们的半神化的君主。从哲学上说，天主教会是希腊化文明的最后成就；从政治和组织上说，它是专制的罗马帝国的后裔与承继者。
黑暗时期
当古代文明的夕阳斜辉消逝在第六、七世纪的黑夜中的时候，欧洲的学术情况就是这样。后来的几个时代在新晨的微光中所回顾的理想的性质就是这样。那时，他以为他们所回顾的是一个比较光明的日子，这个日子的光荣的中午的顶峰就是上帝假手他的儿子而给予世人的最高启示，这个日子的光辉的黄昏则由教会的神父们秉承神意写作的著作照亮。无怪乎新时代的人把经过黑暗时期传到他们手中的东西都当作超自然的法典，而不用批判的眼光去看待它。
古代学术残存于第七世纪的西方的唯一痕迹，只有博埃修斯（Boethius）的著作。他出身于罗马贵族，于524年被人处死。经过长期争论之后，现在大家好象承认他是基督教徒，甚至是殉道者。不管这些，他的确是代表古代哲学精神嫡传的最后一人。他著有亚里斯多德与柏拉图哲学的纲要和注释，并根据希腊人的著作，写成叙述所谓四学，即算术、几何、音乐、天文四个数学部门的专著。这些手册在中世纪时采用为学校教本，事实上，中世纪初期有关亚里斯多德的知识，几乎完全是由博埃修斯的注释得来的。
博埃修斯传的作者斯特沃特搏士，给了我以下一段记载：
博埃修斯是罗马人当中的最后一人，但从他对于科学分类所提供的材料看，他也是经院哲学家的最早一人。他主张将知识均匀地分配到自然科学、数学与神学中去，后来的人一致采用，最后托马斯·阿奎那不但接受而且为之辩护。他给人下的定义是“自然界里有理性的个体”，这个定义在经院哲学时期结束以前，一直为人遵奉。
在博埃修斯和比他年轻的同时人卡西多拉斯（Cassiodorus）以后，古典的精神便不存在了。柏拉图在雅典建立的哲学学校，这时教授一种神秘的、半基督教的新柏拉图主义，于529年为查士丁尼皇帝（Bmperor Justinian）所封闭，一半由于是要毁灭异教哲学学说的最后残余，一半是要防止官立基督教学校遇到竞争。
但拜占庭帝国在西欧蛮族最猖撅的时代，维持了一个文明的背景。它的军队把意大利的哥特人赶走了，它的律师在查士丁尼学院把罗马法订为法典。建立在斯多喝学派原则基础上的罗马法提供了一个理性秩序的理想，这个理想经过混乱时期保存下来，帮助形成了罗马帝国继承者大一统主义的法典，后来并帮助形成了经院哲学的知识综合。此外，从古典时代经过拜占庭遗留下来的知识，即令在衰微的时候，也如火炬一样照耀于欧洲的黑暗中，照亮了走向西方学术复兴的道路。这一线光明还没有完全熄灭，西方学术复兴就已经开始了。
不过，在这个当儿，西方与过去的断绝是极其彻底的，并不限于作为文明力量的希腊和作为世界强国的罗马的灭亡。不但作为政治国家和社会组织的雅典与罗马毁灭了，就是艺术家和哲学家的希腊民族，法律家与行政官的罗马民族，也不复存在了。
人们把罗马衰败的开始，归咎于种种原因。一个重要而常被人忽现的原因，据历史家艾利生（Alison）研究，是由于货币缺乏，而造成的经济紊乱。西班牙与希腊的金银旷开始枯竭，罗马国库中收藏的贵金属可以造为货币的，在奥古斯都时代，估计约值三亿八千万英镑，到了查士丁尼时代已减少到八千万英镑。虽然货币时常贬色，但我们仍然可以断定国内的物价下跌不已，换言之，用货物与劳务来衡量，金钱的价值则属上升，而缩减通货时期的各种恶劣影响也就必然随之而来了。生产性的农业与工业成为无利可图的事业，捐税到了不可忍耐的程度；由不受货币紊乱影响的国家，如埃及与利比亚输入的货物大大增加，而罗马的土地遂至无人耕种，正如英国的土地在1873至1900年及1921至1928年由于同样的原因而致荒芜一样。
土地既不耕种，城乡的沟道又复失修，于是大片地带竟因疟疾猖撅而不堪居住；高尚与能干的血统的出生率的降低，加上不断的战争与外国人——古罗马人中间——的管理，大概不但使每一代的许多最优秀的人死于非命，而且使优者亡而劣者存，因而使国民的平均品质降低。通常所说的明显的军事原因和其他原因无疑与灾难有很大关系，但是经济的混乱与外族的骚扰也是不可忽视的因素。我们也许可以这样说：北方民族推翻罗马，与其说是野蛮人摧毁了文明，倒不如说是把已经败灭倾颓的废墟打扫清楚，让将来的新的大厦好建筑起来。
一个新的文明须从混乱中演化出来；具有一定理想和明确特性的民族必须从信奉大一统主义的腐败帝国的多种多样的种族中发展出来；而这些民族也必须先在社会秩序的改造以及文化特质的判定和专业化方面有很大进展，然后才能成为新的科学和科学哲学萌芽和成长的适当温床。
在欧洲的某些地方，通过黑暗时期的朦胧阴影，我们可以看见知识的小草挣扎出现于阳光之中。意大利的大城市中，可能有些世俗的学校经过动荡与混乱，还继续维持着。但修道院的兴起，使人们第一次有可能过稳定安闲的生活，因而唯有在寺院中才能找到学术新生的最早的征象。
由于福音故事的性质，教会的神父们不能象蔑视或无现其他世俗知识一样蔑视医术。救治病人是基督教的义务，而医学也就成了复兴最早的一门学科。寺院医学起初是巫术，里面稍微混杂一点儿古代的科学。第六世纪时本笃会教士（Benedictines）开始研究希波克拉底与盖伦著作的纲要，他们渐渐把这些著作里的知识传播到西方去。僧侣也是实际的农夫，他们也保存了一点农业知识。
佩斯东海湾那不勒斯南面萨勒诺（Salerno）城的学校是最早的非宗教的新学术发源地。从这个中心发出了许多根据希波克拉底与盖沦的著作编纂的书籍。第九世纪时萨勒诺的医生已很有名；到十一世纪时，他们开始读阿拉伯书籍的译本；他们的学校一直兴盛到十二世纪才由普及于欧洲的阿拉伯医学所代替。由于萨勒诺先是希腊的殖民地，后来又是罗马的疗养场，而且在意大利南部希腊医学的传统始终没有完全中断，所以在这里，古代学术与现代学术的直通桥梁也可能始终没有中断。
欧洲的改造
不过，我们还应该指出，距离罗马较远的地方，也是表现出明确的新精神最早的地方。从富有诗意的爱尔兰传说开始的爱尔兰、苏格兰及英格兰北部的文学与艺术，由于吸收了基督教的教义，得到迅速的进展。靠了威利布罗德（Willibrord）与博尼费（Boniface）等传教士的热忱，这一文化连同它的一些世俗学问被传到南方。北方的这一发展在盎格鲁－萨克逊僧人贾罗的比德（Bede of Jarrow，673－735年）的著作中达到顶点。他把当时西欧所有的知识都收纳在他的著作之内。他的科学主要根据普林尼的《自然历史》（Natural History），可是也加了一些他自己的贡献，例如对于潮汐的观察。他处在两派之间，一边是博埃修斯、卡西多拉斯、格雷哥里及塞维尔的伊西多尔（Isidore of Seville）等，受到古典派或教父派学术直接影响的拉丁注释家，另一边是查理大帝所设立的教会学院的学者们。后一派的领袖是约克的阿尔昆（Alcuin of York）。他对于克服把世俗学术与神圣宗教对立起来的流行观念颇有贡献，并且把古典知识的传统带到中古时代。比德用拉丁语著述，主要是为僧侣著述，但150年后文化大大扩大，阿尔弗烈德大帝（Alfred the Great，849－901年）亲自或命人把许多拉丁书籍译成盎格鲁萨克逊的语言，于是拉丁文学的影响就进入本地的语言中。
那时中古时代的欧洲逐渐粗具规模。罗马化的高卢人与蹂躏罗马各省的强悍的条顿部落互相混合，而逐渐形成各个民族国家。从来不曾看见罗马鹰徽的、或者罗马人撤退了的北方各地，创造了自己的文化，甚至自己的文学，罗马理想与罗马文明对于它们不过是外界的和外来的影响而已。
阿拉伯学派
当欧洲学术处在极低潮的时候，在君士坦丁71堡东罗马帝国宫庭中，在叙利亚至波斯海湾的国家中，却保存了不少来源于希腊、罗马与犹太的混合文化。最早的一个中心是荣迪沙帕尔（Jundi…shapur）的波斯学校，它在489年成了景教派基督徒的避难所，在529年柏拉图学园被封、新柏拉图派离开雅典后又成为新柏拉图派的避难所。在这里翻译了希腊的书籍，尤其是柏拉图与亚里斯多德的著作，使希腊哲学与印度、叙利亚、波斯的哲学相接触，还促进了一个医学学派的成长。虽然处在比较孤立的状况中，这个学派还是一直存在到第十世纪。
在620至650年间，在穆罕默德的鼓舞下，阿拉伯人征服了阿拉伯、叙利亚、波斯、埃及等地。一百五十年后，最著名的阿拔斯王朝哈里发诃伦－阿尔－拉西德（Harun－al－Rashid）奖励翻译希腊作家的著作，因而帮助促成了阿拉伯学术大时代的开始。起初进步很迟缓，因为必须创立一些适于表达哲学和科学思想的新名词与文章结构，使之融合在叙利亚与阿拉伯的语言之中。阿拉伯人和处在阿拉伯人势力下的民族的任务，与中世纪后期欧洲学术复兴时代一样，第一是要发现隐藏起来且被忘记的希腊知识的宝藏；第二要把他们所发现的宝藏融合在他们自己的语言与文化里面，最后再加上他们自己的贡献。
穆罕默德死后两百年内，伊斯兰教的神学活动极为活跃。伊壁鸠鲁的原子体系和芝诺的疑难所引起的时间空间问题，刺激了穆斯林人的思想，而印度佛教的原子论对他们也不无影响。
根据可兰经，安拉（Allah）创造而且主持世界，在安拉的绝对存在中，世界只有第二性的存在。这个正统的观点，后来被新柏拉图派和亚里斯多德派的希腊哲学及另一伊斯兰思想学派所修改。后者把新柏拉图派的无尽的存在环链及亚里斯多德的宇宙观念，加入到穆罕默德原来的片面泛神论之中。于是得到一个补充的观点，即反过来，宇宙便是神。第三伊斯兰思想学派用正统的穆罕默德的术语解释自然，得到一个时间的理论，这个时间理论即使不是从印度佛教的原子哲学得来的，也和它类似。宇宙由完全相同的原子构成，安拉则随时重新加以创造。空间也是原子的结构，时间由不可分的无数“此时”所组成。物性是偶有性，属于原子，原子为安拉所创造与重新创造。如果安拉不时时重新创造，宇宙将如梦一样消逝。物质仅由安拉的连续的意志而存在，人不过是动画般的自动器。这样，伊壁鸠鲁的貌似无神的体系，就一变而为高度的一神教。
在这些具有神学意义的题材之外，显然人们还有一种好奇心，想研究神学家认为不具有永恒性或实在性的大自然。当基督教国家的科学正在衰落时，伊斯兰教国家的科学却蓬勃发展起来，至八世纪后半期时，领导的地位已确定地由欧洲移到近东了。到了九世纪时，阿拉伯的医学学校因为研究盖伦著作的译本而得到进步，在炼金术所依据的原始化学方面有了显著的新成就。
最早的实用化学，一方面与生活技术（如冶金）有关，另一方面也与制药有关。古典时代，希腊人关于物质本性的见解，以及关于原子和基本元素的观念，离开观察与实验太远，无法归入化学之中。一世纪亚历山大里亚的炼金家可以说是最早认识到和探讨化学问题的人。但那时以后，工作就陷于停顿，六百年后阿拉伯人才重新拾起他们的工作。
由于误解亚历山大里亚的技术的起源，后来的炼金家为自己树立了两大目标，而这两个目标都是不能实现的——一是要把贱金属变为黄金。一是要炼成能医一切疾病的“仙丹”。他们的钻研当然非失败不可，不过他们却因此得到许多可靠的化学知识，并发现了许多有用的药品。
阿拉伯的炼金家从两个来源得到他们的初步知识：一是上面说过的波斯学派，一是亚历山大里亚希腊人的著作，一半经过叙利亚人的传授，一半得自直接的问泽。说阿拉伯话的民族研究炼金术有七百年的历史，他们的工作中心先在伊拉克，后在西班牙。在他们的手里炼金术发展成为化学，又由他们那里发展成为中世纪后期的欧洲化学，主要是经过西班牙的摩尔人。在有些阿拉伯著作家和他们的欧洲门徒由炼金术进步到化学的时候，另外一些人由于不能了解亚历山大里亚炼金家的专门知识和哲学观点不能吸取比较新颖、比较科学的观点，便在自己的工作中堕落到贪得无厌地追求黄金和玩弄或自欺欺人的巫术的地步。
最著名的阿拉伯炼金家及化学家是阿布－穆萨－札比尔－伊本－哈扬（Abu－Musa－Jabir－ibn－Haiyan）他约在776年间享有盛名。后来有许多著作以拉丁语出版，据说是一位名叫“杰伯尔”（Geber）的时代不明、身世不明的人所写的。有人认为“杰伯尔”也就是札比尔。不过，这些著作的起源问题至今还没有解决。拜特洛（Berthelot）于1893年，研究了一些阿拉伯原稿的新译本之后，断定札比尔的成就比杰伯尔要少得多。但霍姆亚德（Holmyard）与萨尔顿说，从还没有翻译过来的阿拉伯著作看来，札比尔是一位比拜特洛设想的要高明得多的化学家。他好象制造过（用现代术语讲）碳酸铅，并且由砷和锑的硫化物中分析出砷与锑；他叙述了金属的提炼，钢的制造，布与皮的染色，以及蒸馏醋而得到醋酸的方法。他认为当时所知的六种金属所以不同是由于所含的硫和汞的比例不同。但是，在对他的全部阿拉伯语著作加以批判的研究，并与拉丁语的“杰伯尔”著作加以比较之前，札比尔在历史上的地位是不易确定的。
在化学史上，把硫（即火）与汞（即水）看做是基本元素的观念是十分重要的。这一观念似乎是由于发现硫与汞化合而成鲜明的红色硫化物而产生的。由于银是白色的，金是黄色的，红色必定是用比金更贵重、更根本的东西制成的。硫与汞之外，后来又加上食盐来代表土或固体。食盐、硫与汞为物体的基本元素的学说，代替恩培多克勒和亚里斯多德的四元素说，一直流行到波义耳在1661年发表《怀疑的化学家》（Sceptical Chymist）一书的时候。
科学性的化学的重要性日益增长，这表现在九世纪开始的一场关于炼金术的真正价值的辩论上。那时欧几里得的《几何原理》（Elements）与托勒密的天文著作，也翻译成阿拉伯语了，后者的巨著，因而得到《至大论》（AImagest）这个阿拉伯名称。希腊的几何学与天文学于是传到穆斯林世界。印度的数字也许是先由希腊人发明，然后传入印度，再以早期的形式传给阿拉伯人，他们又修改为所谓古巴尔（Ghubar）字体，与我们现今所用的字体更为相近。当时穆斯林人贸易很广，因此这些方便的数字，被世界认为是阿拉伯数字，经过几个世纪之后便代替了累赘的罗马数字。在拉丁语中最早使用这个新数字体系的例子，似乎是976年间在西班牙写成的一部手稿，但零位记号的普遍使用是更往后的事情。
当时，有些阿拉伯著作家为了推广自己的著作，就把自己的著作假托是希腊人的著作。譬如阿拉伯人或叙利亚人编纂的一部关于民间传说与巫术的文集，名叫《秘密的秘密》（secretum Secreto…rum），在中世纪的欧洲十分流行，当时就他称是亚里斯多德著作的译本。817年左右，埃德萨的约布（Job of Edessa）根据在巴格达讲授的材料，写了一部关于哲学与自然科学的百科词典。这部词典的叙利亚语的版本最近由明加纳（Mingana）加以编辑并翻译过来。
托勒密著作的翻译也推动了穆斯林天文学家。穆罕默德·阿尔－巴塔尼（Muhammad al－Batani，约850年）在安提沃奇（Antioch）天文台，重新计算了春秋二分点的岁差，并制成一套新的天文表。他的工作由不像他那样有名的学者们继续下去。在公元1000年左右，三角学有了进步。伊本·荣尼斯（Ibn Junis）或尤纳斯（Yunus）在开罗对日月食进行观测，并加以记录。他可算是最大的穆�