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都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。嘉靖三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
提督操江一人。以副佥都御史为之，领上、下江防之事。
通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。
大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。隆庆三年，革左、右评事各一人。
詹事府。主簿一人。
翰林院。学士一人，不常置，以翰林坊局官署职。孔目一人。
国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。嘉靖三十七年，革助教二人及掌馔。隆庆四年，革博士一人，学正一人。
太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，嘉靖中，革赞礼郎一人。司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。
光禄寺。卿一人，少卿一人，隆庆四年，革少卿。典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。
太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。
鸿胪寺。卿一人，主簿一人。司仪、司宾二署，各署丞一人，鸣赞四人，序班九人。
尚宝司。卿一人。
吏、户、礼、兵、刑、工六科。给事中六人。又户科给事中一人，管理后湖黄册。
行人司。左司副一人。
钦天监。监正一人，监副一人，主簿一人。五官正一人，五官灵台郎二人，五官监候一人，五官司历一人。
太医院。院判一人，吏目一人。惠民药局、生药库，各大使一人。
五城兵马司。指挥各一人，副指挥各三人，吏目各一人。万历中，革副指挥每城二人。
应天府。府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，经历、知事、照磨、检校各一人。儒学教授一人，训导六人。所辖，上元、江宁二县，各知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人。司狱司，司狱一人。织染局，大使一人，左、右副使各一人。都税司、宣课司，凡四，龙江、江东、聚宝门、太平门。税课局，凡二，龙江、龙潭。各大使一人，副使或一人或二人。龙江递运所，大使、副使各一人。批验所，大使一人。河泊所，官一人。龙江关、石灰山关，各大使一人，副使四人。洪武三年，改应天府知府为府尹，秩正三品，赐银印。十三年，始立儒学。
南京官，自永乐四年成祖往北京，置行部尚书，备行在九卿印以从。是时，皇太子监国，大小庶务悉以委之。惟封爵、大辟、除拜三品以上文武职，则六科都给事中以闻，政本故在南也。十八年，官属悉移而北，南京六部所存惟礼、刑、工三部，各一侍郎，在南之官加“南京”字于职衔上。仁宗时补设官属，除“南京”字。正统六年，定制复如永乐时。
王府长史司。左、右长史各一人。正五品其属，典簿一人，正九品所辖，审理所，审理正一人，正六品副一人，正七品典膳所，典膳正一人，正八品副一人，从八品奉祠所，奉祠正一人，正八品副一人，从八品典乐一人，正九品典宝所，典宝正一人，正八品副一人，从八品纪善所，纪善二人，正八品良医所，良医正一人，正八品副一人，从八品典仪所，典仪正一人，正九品副一人，从九品工正所，工正一人，正八品副一人，从八品。以上各所副官，嘉靖四十四年并革。伴读四人，从九品，后止设一人。教授无定员，从九品引礼舍二人，后革二人。仓大使、副使各一人，库大使、副使各一人。仓、库副使后俱革。郡王府，教授一人，从九品典膳一人。正八品镇国将军教授一人。从九品
长史，掌王府之政讼，辅相规讽以匡王失，率府僚各供乃事，而总其庶务焉。凡请名、请封、请婚、请恩泽，及陈谢、进献表启、书疏，长史为王奏上。若王有过，则诘长史。曾经过犯之人，毋得选用是职。审理，掌推按刑狱，禁诘横暴，无干国纪。典膳，掌祭祀、宾客，王若妃之膳羞。奉祠，掌祭祀乐舞。典宝，掌王宝符牌。纪善，掌讽导礼法，开谕古谊，及国家恩义大节，以诏王善。良医，掌医。典仪，掌陈仪式。工正，掌缮造修葺宫邸、廨舍。伴读，掌侍从起居，陈设经史。教授，掌以德义迪王，校勘经籍。凡宗室年十岁以上，入宗学，教授与纪善为之师。引礼，掌接对宾客，赞相威仪。
洪武三年，置王相府，左、右相各一人，正二品左、右傅各一人。从二品参军府，参军一人，正五品录事二人，正七品纪善一人。正七品各以其品秩列朝官之次。又置典签司、谘议官。寻以王府武相皆勋臣，令居文相上，王相府官属仍与朝官更互除授。是年置王府教授。四年，更定官制。左、右相，正二品，文武傅，从二品，参军，从五品，录事，正七品，审理正，正六品，副，正七品，纪善，正七品，各署典祠正、典宝正、典仪正、典膳正、典服正、工正、医正，并正七品，副，并从七品，牧正，正八品，副，从八品，引礼舍人，省注。九年，改参军为长史，罢王傅府及典签司、谘议官，增设伴读四人，选老成明经慎行之士任之，侍读四人，收掌文籍，少则缺之。寻改王相府所属奉祠、典宝、典膳、良医、工正各所正并纪善俱正八品，副，从八品。十三年，并罢王相府，升长史司为正五品，置左、右长史各一人，典簿一人，定王府孳牲所、仓库等官俱为杂职。二十八年，置靖江王府谘议所，谘议、记室、教授各一人。建文中，增置亲王宾辅二人，伴读、伴讲、伴书各一人，长史三人。郡王宾友二人，教授一人，记室二人，直史一人，左、右直史各一人，吏目一人，典印、典祠、典礼、典馔、典药五署官各一人，典仪二人，引礼舍人二人，仪仗司，吏目一人。其宾辅、三伴、宾友、教授进见时，侍坐，称名而不称臣，礼如宾师。成祖初，复旧制，改靖江王府谘议所为长史司。万历间，周府设宗正一人。后各府亦渐置。郡王府增设教授一人。又洪武七年，公主府设家令一人，正七品司丞一人，正八品录事一人。正九品二十三年，改家令司为中使司，以内使为之。
承宣布政使司。左、右布政使各一人，从二品左、右参政，从三品左、右参议，无定员。从四品。参政、参议因事添设，各省不等，详诸道。经历司，经历一人，从六品都事一人。从七品照磨所，照磨一人，从八品检校一人。正九品理问所，理问一人，从六品副理问一人，从七品提控案牍一人。司狱司，司狱一人，从九品库大使一人，从九品副使一人。仓大使一人。从九品副使一人。杂造局、军器局、宝泉局、织染局，各大使一人，从九品副使一人。所辖衙门各省不同，详见杂职。
布政使，掌一省之政，朝廷有德泽、禁令，承流宣播；以下于有司。 凡僚属满秩，廉其称职、不称职，上下其考，报抚、按以达于吏部、都察院。三年，率其府州县正官朝觐京师，以听察典。十年，会户版以登民数、田数。宾兴贡，合省之士而提调之。宗室、官吏、师生、军伍，以时班其禄俸、廪粮。祀典神祗，谨其时祀。民鳏寡孤独者养之，孝弟贞烈者表扬之，水旱疾疫灾祲，则请于上蠲振之。凡贡赋役，视府州县土地人民丰瘠多寡而均其数。凡有大兴革及诸政务，会都、按议，经画定而请于抚、按若总督。其国庆国哀，遣僚贰朝贺吊祭于京师。天子即位，则左布政使亲至。参政、参议分守各道，及派管粮储、屯田、清军、驿传、水利、抚民等事，并分司协管京畿。两京不设布、按，无参政，参议、副使、佥事，故于旁近布、按分司带管，详见各道。经历、都事，典受发文移，其详巡按、巡盐御史文书，用经历印。照磨、检校典勘理卷宗。理问典刑名。
初，太祖下集庆，自领江南行中书省。戊戌，置中书分省于婺州。后每略定地方，即置行省，其官自平章政事以下，大略与中书省同。设行省平章政事，从一品左、右丞，正二品参知政事。从二品左、右司，郎中，从五品员外郎，从六品都事、检校，从七品照磨、管勾。从八品理问所，正理问，正四品副理问，正五品，知事，从八品寻改知事为提控案牍。省注洪武九年，改浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西诸行省俱为承宣布政使司，罢行省平章政事，左、右丞等官，改参知政事为布政使，秩正二品，左、右参政，从二品，改左、右司为经历司。十三年改布政使，正三品，参政，从三品。十四年，增置左、右参议，正四品。寻增设左、右布政使各一人。十五年，置云南布政司。二十二年，定秩从二品。建文中，升正二品，裁一人。成祖复旧制。永乐元年以北平布政司为北京。五年，置交阯布政司。十一年，置贵州布政司。止设使一人，馀官如各布政司。宣德三年，罢交址布政司，除两京外，定为十三布政司。初置籓司，与六部均重。布政使入为尚书、侍郎，副都御史每出为布政使。宣德、正统间犹然，自后无之。
提刑按察使司。按察使一人，正三品副使，正四品佥事无定员。正五品。详见诸道。经历司，经历一人，正七品知事一人。正八品照磨所，照磨一人，正九品检校一人。从九品司狱司，司狱一人，从九品
按察使，掌一省刑名按劾之事。纠官邪，戢奸暴，平狱讼，雪冤抑，以振扬风纪，而澄清其吏治。大者暨都、布二司会议，告抚、按，以听于部、院。凡朝觐庆吊之礼；具如布政司。副使、佥事，分道巡察，其兵备、提学、抚民、巡海、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军，各专事置，并分员巡备京畿。
明初，置提刑按察司。吴元年，置各道按察司，设按察使，正三品，副使，正四品，佥事，正五品。十三年，改使秩正四品，寻罢。十四年复置，并置各道按察分司。十五年，又置天下府州县按察分司。以儒士王存中等五百三十一人为试佥事，人按二县。凡官吏贤否、军民利病，皆得廉问纠举。十六年，尽罢试佥事，改按察使为从三品，副使二人，从四品，佥事从五品，多寡从其分道之数。二十二年，复定按察使为正三品。二十九年，改置按察分司为四十一道。直隶六：曰淮西道，曰淮东道，曰苏松道，曰建安徽宁道，曰常镇道，曰京畿道。浙江二：曰浙东道，曰浙西道，四川三：曰川东道，曰川西道，曰黔南道。山东三：曰济南道、曰海右道，曰辽海东宁道。河南二：曰河南道，曰河北道。北平二：曰燕南道，曰燕北道。陕西五：曰关内道，曰关南道，曰河西道，曰陇右道，曰西宁道。山西三：曰冀宁道，曰冀北道，曰河东道。江西三：曰岭北道，曰两江道，曰湖东道，广东三：曰岭南道，曰海南道，曰海北道。广西三：曰桂林苍梧道，曰左江道，曰右江道。福建二：曰建宁道，曰福宁道。湖广四：曰武昌道，曰荆南道，曰湖南道，曰湖北道。三十年，始置云南按察司。先是，命布政司兼理。建文时，改为十三道肃政按察司。成祖初，复旧。永乐五年，置交阯按察司，又增设各按察司佥事。因督军卫屯粮，增浙江、江西、广东、广西、湖广、河南、云南、四川各一人，陕西、福建、山东、山西各二人。此增设监司之始。十二年，置贵州按察司。宣德五年革交阯按察司。除两京不设，共十三按察司。正统三年，增设理仓副使、佥事，又设佥事与布政司参议各一员于甘肃，监收仓粮。八年，增设佥事，专理屯田。景泰二年，增巡河佥事。自后，各省因事添设，或置或罢，不可胜纪。今总布、按二司所分诸道详左。
布政司参政、参议分司诸道。督粮道，十三布政司各一员，俱驻省城。督册道，江西、陕西等间设。分守道：浙江杭嘉湖道，宁绍台道，金衢严道，温处道。俱驻省江西南瑞道，驻省湖东道，驻广信湖西道，驻临江饶南九江道，驻九江赣南道。驻南安山东济南道，东兗道，海右道。俱驻省山西冀宁道，驻省河东道，驻蒲州冀北道，驻大同冀南道。驻汾州陕西关内道，驻省关西道，驻凤翔西宁道，驻凉州关南道，驻兴安，河西道，驻庆阳陇右道。驻巩昌河南大梁道，驻省河南道，驻河南汝南道，驻南阳河北道。驻怀庆湖广武昌道，下荆南道，驻郧阳上荆南道，兼兵备，驻澧州。荆西道，兼兵备，驻安陆。上湖南道，下湖南道，上江防道，或驻荆州、岳州。下江防道。福建兴泉道，驻泉州福宁道，驻兴化漳南道，驻漳州建南道，驻延平汀漳道。驻上杭县广东岭东道，驻潮州岭西道，驻高州罗定道，兼兵备，驻罗定州。岭北道，岭南道。驻南雄四川川西道，川北道，驻保宁上下川东道，驻涪州上川南道，雅州、嘉定二署。下川南道，叙州、泸州署广西桂平道，驻省苍梧道，驻梧州左江道，驻浔州右江道，驻柳州贵州安平道，贵宁道，驻省新镇道，驻平越思仁道，驻思南云南临安道，腾冲道，澜沧道。以上或参政，或参议
按察司副使、佥事分司诸道。提督学道，清军道，驿传道，十三布政司俱各一员，惟湖广提学二员，浙江、山西、陕西、福建、广西、贵州清军兼驿传，江西右布政使清军。
分巡道：浙江杭严道，宁绍道，嘉湖道，金衢道。江西饶南九江道，驻饶州湖西道，驻吉安南昌道，湖东道，岭北道。山东兗州道，驻沂州济宁道，青州海防道，济南道，移德州海右道，驻省海道，驻莱州登莱道，辽海道。山西冀宁道，冀南道，驻潞安雁门道。陕西关内道，驻邠州，关西道。驻平凉陇右道，驻秦州河西道，驻鄜州西宁道。河南大梁道，汝南道，驻信阳州河南道，驻汝州河北道。驻磁州湖广武昌道，荆西道，驻沔阳上荆南道，下荆南道，湖北道，上湖南道，下湖南道，沅靖道。福建巡海道，兼理粮储福宁道，兴泉道，驻泉州建南道，驻建宁武平道，漳南道，驻上杭县建宁道，海道，驻漳州汀漳道。广东岭东道，驻惠州岭西道，驻肇庆岭南道，驻省海北道，驻雷州海南道。驻琼州四川上东道，驻重庆下东道，驻达州川西道，川北道，驻保宁下川南道，上川南道。广西府江兵巡道。驻平乐桂林兵巡道，驻省苍梧兵巡道，驻梧州，移郁林州。左江兵巡道，驻南宁右江兵巡道，驻宾州。上五道俱兼兵备。贵州贵宁道，思石道，驻铜仁都清道。兼兵备，驻都匀云南安普道，临沅道，洱海道，金沧道。
整饬兵备道：浙江宁绍道，嘉兴道，温处道，台海道。江西南瑞道，广建道，驻建昌山东临清道，武德道，驻武定州曹濮道，驻曹州沂州道，辽东道。山西雁北道，驻代州大同道，二员，一驻大同，一驻朔州。阳和道，潞安道，岢岚道。陕西肃州道，固原道，临洮道，驻兰州洮岷道，驻岷州靖远道，榆林中路道，榆林东路道，驻神木县宁夏河西道，驻宁夏宁夏河东兵粮道，驻花马池庄浪道，汉羌道，潼关道。湖广辰沅道。河南睢东道。福建兵备道，巡海道。广东南韶道，南雄道。四川松潘道，威茂道，建昌道，重夔道，安绵道，叙泸道。广西，分巡兼兵备。五道俱见分巡贵州威清道，驻安顺毕节道。云南曲靖道。
其外又有协堂道，副使，河南、浙江间设。水利道，浙江屯田道，江西、河南、四川三省屯田兼驿传。管河道，河南盐法道，抚治道，陕西抚治商洛道，湖广又有抚民、抚苗道。监军道，因事，不常设招练道。山东间设其北直隶之道寄衔于山东者，则为密云道，大名道，天津道，霸州道；寄衔于山西者，则为易州道，口北道，昌平道，井陉道，蓟州、永平等道。南直隶之道寄衔于山东者，太仓道，颍州道，徐州道；寄衔浙江、江西、湖广者，苏松道，漕储道，常镇道，庐凤道，徽宁池太道，淮扬道。