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从《摄论》持种证的阵容来看，明显比《瑜伽师地论》的种子证要丰厚很多。《瑜伽师地论》的种子证仅仅说明应该有一个识，具有摄持种子的功能性。在《摄大乘论》中，不只说明有一个摄持种子之识，还具体说明了作为摄持种子的识应有无间断、无转易的特性，六转识很显然不具备这些特性，而阿赖耶识却具有这些特点，故可作摄持种子之识。
同时阿赖耶识还有一个非常重要的功能，即作为有情生死轮回的主体。我们知道，阿赖耶识其中一个很重要的功能就是要为生死轮回作枢纽。依照唯识学的说法，如果没有阿赖耶识的话，有情的生死轮回便无法建立。生死轮回需要有一个轮回主体的存在，这是阿赖耶识应该存在的一个很重要的证明，但是在《瑜伽师地论》的八相论证中，我们找不到有关这方面的证明。如果说初起证从名字上来看，倒是有几分相似处，能勉强算是的话，则也实在是太模糊、太简单。
《摄大乘论》在这个方面却有很详细的证明，它主要从结生相续证来说明有情轮回主体存在的必要性，不论是从欲界到欲界（即非等引地的结生相续不成），还是欲界到上界还是从上二界堕于欲界，都需要一个相续不断的主体，在死有与生有之间过渡，来往于三界、五趣、四生之间。这个主体只能是阿赖耶识，而决不是前六转识，因为前六识是有间断、有转变的，这种不稳定性决定了它不能作为生命轮回的主体。而阿赖耶识不同，它不只在有情的一期生命中没有间断性，在有情生生世世的轮回中它都没有间断，但是它也不是恒常的，就像流水，前水不是后水，后水也不是前水，水又是永远长流着，所以此阿赖耶识可以承担轮回主体的功能，这和常一不变的“我”去受轮回截然不同。
执受证，一期生命中有情的身体是常在没有坏灭的，这原因是由于有一种识的执持作用，而这种执持作用的识只能是第八阿赖耶识，决不是前六识，因为前六识在有情的一期生命中是有间断的，而作为此执持识不允许有间断，这也是赖耶存在的一个非常重要的证明。这在《摄大乘论》和《瑜伽师地论》中都有提及。不过，《摄大乘论》在此证明上没有《瑜伽师地论》详细，本论仅简单说明六识因各别依、不坚住的缘故，所以不能执受根身。但《瑜伽师地论》却以五因说明为什么阿赖耶识能执受根身，而前六识不能执受根身之理由。原因是《摄大乘论》主要从阿赖耶识是一切染净法的所依来论证赖耶的存在。而作为执受证不过是有情在一期生命过程中存在的一种现象而已，所以在论中只是提出来而已，并没有必要作详细的论证。
死时证，是因为有情在一期生命命终时，有一种现象，即身体是渐冷的，由身体的这种渐冷现象，推论出阿赖耶识的存在。这在《摄大乘论》和《瑜伽师地论》中都有说到，对比二论在此证上的论述，《摄大乘论》中所用语言比较精炼，如论言：“又将没时，造善造恶，或下或上所依渐冷，若不信有阿赖耶识，皆不得成。”157《摄论》仅以此寥寥数语，说明有情命终这种现象，只有在承认阿赖耶识存在的前提下才能得以解释。《瑜伽师地论》对此证如是说：
何故若无阿赖耶识，命终时，识不应道理。谓临终时，或从上身分识渐舍离，冷触渐起，或从下身分，非彼意识有时不转。故知唯有阿赖耶识能执持身。此若舍离。即于身分冷触可得，身无觉受，意识不尔。是故若无阿赖耶识，不应道理。158
《瑜伽师地论》运用此证时，语言较为详细。但二者比较起来，实则只是语言上有详略，所说问题却无二无别。
灭尽定证，关于这个证明，在《瑜伽师地论》仅是简单地说明了入灭尽定有阿赖耶识的原因是：从现象上看，入无想定或是入灭尽定，身体不会烂坏，而入此定，前六识已灭，没有识执持身体，身体何以不坏？所以应该有一个除六识外的识，存在于灭尽定中才可以解释此种现象。而佛也在经中说，入灭尽定识不离身，由此可以证知，确实有一个除六识外的心识存在于二无心定中，这个存在的识就是阿赖耶识。仔细研究《摄大乘论》中以灭尽定证明存在阿赖耶识的论证，他虽然花费了大量的笔墨，极其详细地说明了佛说入灭尽定识不离身之识一定是阿赖耶识，并且对于小乘的各种计执给予了破斥，而其中心却没有摆脱《瑜伽师地论》的说法。
《瑜伽师地论》中有争议的初起证、明了证、业用证，在《摄大乘论》中都弃而不用。《瑜伽师地论》中的身受证，在《摄大乘论》没有提到，但此证到了后来的《成唯识论》却有用到。对于二论都有提到的四种论证，通过上面的对比，《瑜伽师地论》很明显的只是提纲契领似地论证，而《摄大乘论》在继承《瑜伽师地论》的基础上，抓住其中心意思，然后给予了详细的论述。不仅如此，《摄大乘论》还以名色与识互为依证、识食证这二种现象证明了阿赖耶识的必然存在。
总之，从上比较可知，《摄大乘论》对赖耶存在的论证比《瑜伽师地论》要健全得多。可以说，《摄论》中对赖耶识存在的论证阐释得更为透彻、更为全面。可见，唯识学上对阿赖耶识存在的论证，到《摄大乘论》又上了一个新的里程碑。
（二）《成唯识论》与《瑜伽》、《摄论》论证的比较
《摄大乘论》对赖耶存在的论证，是在《瑜伽师地论》的基础上健全起来的，而《成唯识论》作为唯识学上对赖耶存在进行论证的最后一部论典，它的成就也不是一蹴而就的，乃是在《瑜伽师地论》、《摄大乘论》两部论的基础上，继承和发扬两部论的优点，才达到了现有的程度，今以论证方式、教证、理证三个方面加以比较说明。
第一，从论证方式上看：《成唯识论》论证分为两个部分，一是引大小乘经教，以佛之圣言量来证明第八识的存在；二是从理论上以十理证明第八识的存在。这种从教证，再从理证的论证方式，与《瑜伽师地论》、《摄大乘论》是一脉相承的。但《成唯识论》在论证之前先对第八识作了详尽的论述，介绍了第八识的性质、它的行相与所缘、与之相应的心所、它所属的伦理范畴、它具有非常非断的性质和它的伏断位次后，才对第八识的存在进行了专门的系统的论证。
《瑜伽师地论》在前本地分中已经建立了阿赖耶识，但到《瑜伽师地论？摄抉择分》才以八相证成赖耶。之后，此论再一次对阿赖耶识的性质作了补充性说明，以十门建立阿赖耶识，从相关性问题进一步对赖耶识进行了论述，它将赖耶的功用，更精细地给予了独特的理论阐述，对赖耶的思想内涵，赋予了更全面、更广泛的命题，说明了阿赖耶识是联系众生流转和还灭的枢纽。
《摄大乘论》则不同，它在所知依一章中开首便以经教证明阿赖耶识有体，是佛之圣言量。然后再从理论上成立阿赖耶识，说明阿赖耶识是一切染净诸法的所依，但由于小乘认为染净诸法的所依可以建立在转识或色心中，不必要别立阿赖耶识，所以论主再抉择赖耶为染净依，从五个方面说明阿赖耶识的必然存在。
之所以有这些不同，是因为《瑜伽师地论》作为唯识学初创阶段的作品，阿赖耶识的理论体系虽然已初具规模，但还没有完善。所以才出现前《瑜伽师地论？本地分》中对阿赖耶识的含义进行简单的阐述后，在《瑜伽师地论？摄抉择分》对阿赖耶识存在进行论证后，又再一次对阿赖耶识性质功能加以补充说明。
到了《摄大乘论》，已经是唯识学组织时期的最后阶段，阿赖耶识的理论已经较为完备，所以本论作者在对待阿赖耶识是否存在这一问题，显然可以考虑得更加周全一些，故本论的论证已经明显超过了《瑜伽师地论》。但由于本论探讨阿赖耶识的性质主要从染净诸法所依的角度，因此本论在论证赖耶存在时，按照杂染清净离赖耶不成组织论证次第。
唯识学发展到了《成唯识论》时，整个唯识学理论体系的建构已经完备，对阿赖耶识的性质和功能的界定也已经全部完成，所以本论先对第八识作了详尽的叙述，再专门对阿赖耶识存在进行了论证。不仅如此，《成唯识论》在引大乘经典论证阿赖耶识存在后，专门就大乘经典是佛说进行了详细的论证，这在《瑜伽师地论》中是没有的，在《摄大乘论》中虽有，但仅是在论的开端简单的作了论述。
第二，从教证上看：《瑜伽师地论》的教证仅有《解深密经》中的一颂。其后的《摄大乘论》在此基础上增加了《阿毗达磨大乘经》中的两颂和“心意识三”的教法，同时，还引用声闻乘的异门安立来成立阿赖耶识。《成唯识论》和《摄大乘论》一样，都分为大乘教和小乘教两部分来说明问题。但在所引大乘教中，《成唯识论》在《摄大乘论》的基础上，除去“心意识三”证阿赖耶识存在这一条，而添加了《入楞伽经》中用藏识来描述阿赖耶识性质之颂。在所引声闻乘经教中，增加了上座、分别说系的有分识作为阿赖耶识的异门安立。其他教证所引二论皆相同。二论所引相同大乘经典的偈颂中，细细比较起来又有差别。
首先，《阿毗达磨大乘经》中说：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅证得”。
此颂焦点主要集中在各论对于“界”和“依”的解释不同。对于“界”的解释，《摄大乘论世亲释》说：“界者谓因”，《摄大乘论无性释》曰：“界者因也，即种子也”。可见摄论的二释论对“界”的看法没有什么不同。对“依”的解释，《摄大乘论世亲释》言：“一切法等所依者，因体即是所依止义”，《摄大乘论无性释》认为：“彼一切法等所依者，能任持故，非因性故能任持，是所依义，非因性义，所依能依性各异故。若不尔者，界声已了，何假余言？”从文意可见世亲释论是站在种识一的立场，认为“界”是一切杂染有漏诸法的种子，因无始来有这一切杂染的种子，有为有漏的一切法才依之而生起。而无性释却是站在种识异的立场，认为“界”和“依”是两个东西，“界”是种子，而“依”却是指能摄藏种子的功能性，即阿赖耶识。
《成唯识论》乃继承无性释种识异的说法，却又有所发展。本论之“界”和“依”和无性释看法一样，认为它们是两个东西，就这一点来说，无性释和《成唯识论》是相同的，但《成唯识论》中的“界”虽亦是因义，但已不是单纯指种子，而是指种子识，因为种子识无始以来辗转相续，直接生起各种事物，所以称为因。如论言：“‘界’是因义，即种子识，无始来辗转相续，亲生诸法，故名为因。”159而这里的“依”是现行识，主要功能是为转识作所依止。如论言：“为彼依者，谓与转识作所依止。”160
其次，《阿毗达磨大乘经》中“由摄藏诸法，一切种子识，故名阿赖耶识，胜者我开示”一颂。此颂主要是对阿赖耶识名义的解释。对于此颂，在《摄大乘论》对赖耶存在的论证一节言：《摄大乘论世亲释》里阿赖耶识有两义，即摄藏和执藏义；《摄大乘论无性释》里，却明显地具有能藏、所藏和执藏三义。在《成唯识论》里，认为阿赖耶识具有三藏义。如论言：“与杂染法，互相摄藏，亦为有情执藏为我，故说此识名阿赖耶。”161与“杂杂法互相摄藏”，是指能藏和所藏的相互摄藏说的。如识能藏一切杂染诸法种子名为能藏，同时又受现行杂染诸法之所熏习名为所藏，它们之间的关系是相互摄藏，同时又被有情内执为我，所以亦名执藏。《成唯识论枢要》亦云：“此中三藏一切皆具，举能摄藏显所藏性，杂染种子互为缘故，由此能内执为我，则执藏义，故具三藏。”162由此可见，《成唯识论》是继承无性释说阿赖耶识具有三藏义来解释阿赖耶识。
最后，在《解深密经》中有“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我”一颂。此颂《瑜伽论》、《摄论》、《成唯识论》都有引过。但是对阿陀那识的解释，三论是不同的。在《瑜伽师地论》引用此颂证明阿赖耶识存在时，并没有直接对阿陀那识的名义进行解释。不过从整本论著来看，因为此论曾引《解深密经》的全文，所以我们可以把《解深密经》对阿陀那识的解释理解为《瑜伽师地论》对阿陀那识名义的解释。《解深密经》对阿陀那识的解释是：“此识亦名阿陀那识。何以故？由此识于身随逐执持故 。”163此中的阿陀那识，有随逐执持的作用，即根身在什么地方，识就随逐他的所在去执持它，有情能够生存，是因阿陀那识执有机体的关系，所以阿陀那识具有执持根身义。到了《摄大乘论》，对阿陀那识的解释更进了一步，有执受根身和执取结生相续二义。到了《成唯识论》，阿陀那识又具有了执持诸法种子、执受色根依处和执取结生相续三义。可见阿陀那识的意义，三论之间是后后继承前前，到了《成唯识论》更为圆满。
关于引声闻乘教证明阿赖耶识存在，在《瑜伽师地论》中根本就没有，到了《摄大乘论》才增加了此项内容，至《成唯识论》，它继承《摄大乘论》的论证内容，增设了有分识。而且《成唯识论》还说明了为什么要把它们作为阿赖耶识异门安立的所以然。对于这个问题，《摄大乘论》的世亲释和无性释中已有很好的解释，但毕竟在《摄大乘论》论本中并没有这方面的论述。应该说《成唯识论》是吸取了摄论二释论解释声闻教异门密意之所以然的内容，加以整理，指出了声闻教的异门安立后，再详细说明为什么声闻教的说法是阿赖耶识的异门安立，这显然比摄论本身的论证更进了一步。
上面笔者从教证分析了三部论的异同，特别是《摄论》和《成唯识论》教证内容的异同得出结论，《成唯识论》是在继承《摄论》的基础上，特别是无性释论的基础上，使教证更加充分。
第三，从理证内容上看：《成唯识论》理证内容和《瑜伽师地论》和《摄大乘论》理证内容有什么关系呢？为了便于看清它们之间的关系，今先用表来显示：《瑜伽师地论》《摄大乘论》《成唯识论》，身受证异熟心证执受证执受证执受证命终证死时证生死时心证灭尽定证灭尽定证灭尽定证种子证持种证持种证识食证由识食之体证结生相续证由三界、五趣、四生主体证识与名色互为缘证缘起依证由寿、暖、识证由染净法延缓之因证
由上表可以看出，《瑜伽师地论》中的初起证、明了证、业用证这有争议的三项，无论是《摄大乘论》还是《成唯识论》中都是弃而不用的。此中《瑜伽师地论》和《摄大乘论》的论证在前面已作过比较，认为除身受证在《摄大乘论》中没有论述外，其他四相在《摄大乘论》中都有相同的论证，《摄大乘论》的论证内容基本上包含了《瑜伽师地论》的论证内容，故只将《摄大乘论》和《成唯识论》的理证部分作一个简单的比较。
从上表中可以看到，《摄大乘论》中的七个论证在《成唯识论》都有一一相对应的项目。先就《摄论》中没有的三项进行分析。在《成唯识论》的十理论证中，细细分析，发现异熟心证其实与由三界、五趣、四生主体证有关，它们都是在说明阿赖耶识作为轮回主体的性质；由寿、暖、识证与执受证有关，因为此识的主要作用是执受寿、暖而生命存在，则其寿、暖必然存在，所以此执持寿、暖之识可以归结到执受根身之识中。由染净法延缓之因证与持种证有关，此二证都是在说明第八阿赖耶识有受熏持种的功能，所以此证可以归结到持种证中。故从大体上看，二论在理论论证的内容上基本相同。
另外在《成唯识论集解》里曾把《成唯识论》的十理归结为四种作用，这四种作用分别是：持种之名、总报之体、有情之体、涅之因。如其论言：
如上广引经论，共立第八识，广大无边，体性微细，显心源而无外，包性相以该通，擅持种之名，作总报之体，建有情之体，立涅之因，居初位而总号赖耶，处极果而唯称无垢。164
而这四种作用，在《摄大乘论》里都有提到过。烦恼杂染、业杂染、世间清净的种子都得由阿赖耶识储藏，这主要是说持种之名。而生杂染的不离赖耶，主要是作为总报之体、有情之体出现。出世间清净离赖耶不