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议，面奏穆宗亲决。三月，穆宗采王崇古议，敕封俺答为顺义王，赐绯蟒衣一件，彩币八件。
五月间，明宣大副帅赵伯勋等奉诏敕，往大同得胜堡向俺答汗等宣诏。原来拟议的受降之礼于是变成册封典礼。俺答等搭设棚厂，陈列彩旗，大张旗鼓迎诏。宣诏后，俺答行礼谢恩。老把都儿、黄台吉、吉能等以下一百一十二名首领也各敕授军官称号。礼成后，俺答又奉上蒙文谢表，遣使入京贡马。各级受封的首领共贡马五百○九匹。明礼部奏请穆宗上殿宣表受百官朝贺，说是“圣朝盛事”。（《穆宗实录》卷五八）
俺答受封，贡市重开，明朝与鞑靼蒙古建立起正常的联系。百余年来争战连年的边地从此得以重现和平。据说，东起永平府，西到嘉峪关七镇数千里的边境， “军民乐业，不用兵革”（《明史·王崇古传》），明廷每年可省军费十分之七。边地居民得以安心耕牧，蒙古商民往来贸易。边境城镇又呈现繁荣景象。八年后，任山西宣大总督的方逢时陈述当时情况说：“八年以来九边生齿日繁，守备日固，田野日辟，商贾日通，边民始知有生之乐”。（《明史·方逢时传》）俺答封贡的实现，确是穆宗朝的一大成就。
三、广东等地的农民起义
广东地区社会矛盾尖锐，嘉靖后期即先后有陈以明、张琏、李亚元、赖清规等领导各地农民起义反抗。穆宗即位后，隆庆元年（一五六七年），又爆发了以曾一本为首的起义。
曾一本在嘉靖末年曾随从吴平起兵，兵败投降。这年，再次起兵，执澄海知县，败官军，击毙守备李茂才。
次年六月，进攻广州，杀知县刘师颜。转战福建。明将周云翔杀参将耿宗元，投入起义军，屯平山大安峒，准备进攻海丰。一五六九年五月，被官军战败，周云翔被俘，部众一千三百余人被杀。曾一本在福建拓林奥战败，转移至马耳澳。八月，在海战中失利被俘，部众被杀害者一万多人。
一五七二年，肇庆恩平十三村陈金莺，邻邑苔村三巢罗织清，藤洞九径十寨黄飞莺，各自发动起义，互通声气。旧例，两广惟大征得叙功，总督殷正茂和总兵官张元勋，改变办法，令雕剿得论功，将三巢、十寨、十三村的起义者镇压下去。
惠州、潮州一带，山险木深，蓝一清、赖元爵等率众起义，各据险结砦，连地八百余里，起义军数万人。一五七二年殷正茂在镇压了十三村的起义后，征兵四万前来镇压惠、潮一带的起义者。起义军奋起抵抗，直到穆宗死后，起义才告失败。
（二）神宗继统与张居正的兴革
穆宗于隆庆六年（一五七二年）五月病逝，年三十六岁，遗诏皇太子翊钧（神宗）继帝位。穆宗即位前，王妃李氏生子，五岁而死，另一子，不满周岁而死。即帝位后，立王妃陈氏为皇后，无子。神宗翊钩系李贵妃所生。
一五六八年立为皇太子。继位时年十岁。
穆宗死前一年，内阁首辅李春芳致仕。高拱继任首辅。礼部尚书吕调阳入阁，与张居正同参机务。司礼监秉笔太监冯保与张居正结纳，在穆宗病危时即密嘱张居正预草遗诏。神宗宣诏即位，高拱条上五事，旨在削弱司礼监，加强内阁拟旨之权。张居正授计冯保，密陈陈太后与李贵妃：高拱擅权不可容。次日，传出皇帝圣旨，太后懿旨、贵妃令旨：“今高拱擅政，专制朝廷，我母子惊惧不宁，高拱即回籍闲住，不得迟留。”（《国榷》卷六十八）神宗即位方七日，高拱即罢相归里。张居正继任首辅。
一、张居正的兴革
湖广江陵人张居正，嘉靖进士。穆宗隆庆元年入内阁参预机务。任首辅后，建言并尊陈后、李妃为皇太后。得两太后倚任，尊称为张先生。张居正任内阁首辅，先后凡十年。是明代权力最大的首辅，也是兴革最多的首辅。
张居正在任期间，针对前朝形成的积弊，参酌前人试作的革新，从多方面采取了兴革的措施。
官吏考成——张居正认为，当时官场的从政者或“虚声窃誉”，或“巧宦取容”，或“爱恶交攻”，章奏繁多，实效甚少。万历元年（一五七三年）他提出官吏考成法。说：“盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效”。（《张文忠公全集》奏疏三）明朝考察官吏原有制度，但行之既久，形同具文。张居正严格立法，要求法之必行，言之必效。考察标准是“惟以安静宜民者为最，其沿袭旧套虚心矫饰者，虽浮誉素隆，亦列下考”。方法是逐级考核，抚按以此核属官之贤否，吏部以此别抚按之品流，朝廷以此观吏部之藻鉴。若抚按官不能悉心甄别，而以旧套了事，则抚按官为不称职，吏部宜秉公汰黜。吏部不能悉心精核，而以旧套了事，则吏部为不称职，朝廷宜秉公更置。（《张文忠公文集》奏疏五）。又建立随事考成制度：“凡六部都察院，遇各章奏，或题奉明旨，或复奉钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近多事情缓急，立定程期，置立文簿存照。”除了一般的例行公事以外，另立文册二本，一本送各科备注，实行一件，注销一件。一本送内阁查考。必俟销完乃已。张居正奏称：“若各该抚按官奏行事理有嵇迟延搁者，该部举之；各部院注销文册有容隐欺蔽者，科臣举之；六科缴本具奏有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣”（同上，奏疏三）。以部院考核抚按，以六科监督部院，以内阁督察六科。这样，各级官吏，不敢敷衍塞责，建言立法者，不能随意发令，使朝廷政令的贯彻执行有了保证。
张居正在考察中裁撤了冗员，奖励廉能，据说官员们“不敢饰非，政体为肃”。
加强边防——张居正进入内阁后，就注意整饬边防，提出饬武备、信责罚、造兵将的方略。调任戚继光整顿蓟镇防务，支持王崇古实现俺答封贡。王崇古晋为兵部尚书，方逢时总督山西宣大，戚继光仍驻蓟镇，又用名将李成梁为辽东总兵官驻守辽东，以巩固边防。当时边防的形势是：俺答封贡实现后，北边恢复安静，往来互市。但东部蒙古插汉（察哈尔）部与辽东泰宁、朵颜卫结纳，因不通互市，不时在边地扰掠。李成梁固守边镇，屡战获胜。辽东战争因而尚不致扩大。
整顿学校——嘉靖以来，府、州、县学中的某些混入的生员，不务实学，为非作恶，在地方上形成一种势力，被称为“学霸”（《明会典》卷七八）。一五七五年，张居正整顿各地学校，规定：“今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸毫，不堪作养者，即行黜退，不许姑息。”“童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四五名亦不为少”。（《张文忠公全集》奏疏五）核减生员，黜革学霸外，又大力整顿提学官和儒学教官。张居正奏称：各地儒学教官往往是“士之衰老贫困者，始告授教职，精力既倦于鼓舞，学行又歉于模范，优游苟禄，潦倒穷途，是朝廷以造士育才之官，为养老济贫之地。”（同上，奏疏四）张居正请敕吏部，慎选提学官，有不称者，奏请改黜。对于教官中学业荒疏，但年力尚壮者，送监肄业深造。如已年老，则黜革回籍。
清理田赋——张居正任首辅后，面对前朝形成的财政危机，从节流与开源两方面力图挽救。节流主要是裁减冗官冗费，对皇室的费用力求撙节。开源主要是清理逋欠的田赋。万历元年，敕令“自隆庆改元以前逋租，悉赐蠲除，四年以前免三征七”。次年规定，拖欠七分之中，每年带征三分。第三年，张居正用考成法严厉督促官员奉行“输不及额者，按抚听纠，郡县听调”（《明史·傅应桢传》）。经过整顿后，明朝的财政有所好转。万历四年（一五七六年），京通储粟足支八年，太仆寺积金四百余万。次年，岁入四百三十五万九千四百余两，岁出三百四十九万四千二百余两，积余八十六万余两。但万历六年（一五七八年）的财政收支又出现了亏空，计岁人三百五十五万九千四百余两，岁出三百八十八万八千四百余两，亏空了三十九万余两。张居正上疏说：“量入以为出，计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞”。他要求神宗“一切无益之费，可省者省之。无功之赏，可罢者罢之。务使岁入之数，常多于所出”。（《张文忠公全集》奏疏八）
张居正清理速赋，说是针对侵欺隐占的“权豪”、“奸民”，但实行中，地方官吏不敢催征势豪大户，反将下户贫民，责令包赔，流弊也是严重的。
清丈田亩——明朝田赋减少的根本原因是豪民兼并田地而不纳税，税赋仍加给失去田地的农民。所谓“小民税存而产去，大户有田而无粮”，是历代常见的现象，至万历时尤为严重。各地农民不断逃亡或起义反抗，田地被兼并田去税存也是重要的原因。张居正曾指出：“夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下，而上不加恤；豪强兼并，而民贫失所故也”。张居正在清理田赋逋欠后，进而在一五七七年提出清丈全国各种类型的田地。次年，正式实行。企图通过丈量，田地“皆就疆理，无有隐奸。盖既不减额，亦不益赋，贫民不致独困，豪民不能并兼”。（《张文忠公全集》附录“文忠公行实”）一五八一年，田地丈量完毕，总计田七百一万三千九百七十六顷，较弘治时的统计数字多出三百万顷。虽然执行丈量的官吏或改用小弓丈量，以求田多，有的豪猾势家也千方百计进行抵制，致使这一数字不很确切，但毕竟把地主豪强隐瞒的土地清查出了不少，使豪民的隐田逃赋受到打击。湖广等地原来垦田数字减少最多，经清丈后增额最多。
改革赋制——五八一年，张居正在清丈田地之后，又在全国范围内推行前朝试行过的一条鞭法，对赋没制度作了全面的改革。
《明史·食货志》说：“一条鞭法者，总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之费，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭”。《续通典》卷七说：“一条鞭法，通计一省丁粮，均派一省徭役，于是均徭、里甲与两税为一”。大致说来，此项改革包括：
（一）赋役合并。原来的赋（两税）役（里甲、均徭、杂泛）以及土贡方物等并成一项。取消力役，一律征银，由人丁和田地分担。（二）田赋一概征银。除苏、松、杭、嘉、湖地区继续征收本色粮食，以供皇室官僚等食用外，其余一般征收折色银。（三）计算赋役数额时，以州县为单位，各州县原有的赋役额不得减少。（四）赋役银由地方官直接征收。原先田赋交本色粮食，很不方便。改为征银后，便于交纳、储存和运输，这就是所谓“丁粮毕输于官”。
一条鞭法简化了征收项目和手续，计亩征银，在一定程度上抑制了豪强漏税的弊端。役银由旧制依户、丁征收改为以丁、田分担，也使无田或少田的居民减轻了负担。一条鞭法的主旨在于使多占田者多交税，是针当时土地兼并盛行而采取的有效措施，也是赋役制度史的一大变革。新法自一五八一年开始实行，各地逐步推广，大约至一五九二年前后，全国各地包括边远省区，都已陆续实施。各地方因情况不同，具体的实施办法也互有差异。如关于役银的丁、田分担比例，各地实行的办法就极不一致。有的地方以丁为主，以田地为辅，采用“丁六粮（即田地）四”的分担比例；有的地方以田地为主，以丁为辅，人丁承担四分之一，田地承担四分之三；也有的地方，丁田平均分配，各承担二分之一。即使在同一地区的不同州县，负担比例也不一致。如凤阳府所属泗州争盱眙一五九九年所编的四差银（四差包括里甲、均徭、驿传和民壮），都是丁所出的总额，大于田粮所出的总额，而天长一县则相反。三州县每石地亩粮所带征的四差银数量，轻重也极悬殊，其中泗州和盱眙分别是一钱三分和四钱九分五厘三毫，而天长县却高达二两一钱。总的说来，各地征额虽然多有差异，但改力役为征银，依占田与人丁多少分担，各个地方则基本相同。这一办法之能以实行，当是反映了农民已便 于出售产品，换取货币。农民生产的布帛菽粟，到市场上出售，自不免要受商人的盘剥，但在客观上却也促进着商品经济的发展。
张居正任内阁首辅，先后凡十年。这十年间，明朝边境，大体保持安静，因而得以致力于内政的兴革。张居正曾奏谏“凡事务实，勿事虚文”。他以务实精神所致力的兴革，大体上在于考核选拔人才与增加朝廷财政收入这两个方面。增加收入的办法，局限于清理田亩、改革赋役，实质上是反映着官府与豪民的利益争夺。不过，这些改革客观上也有利于减少贫民的负担，作用还是积极的。一五八二年三月，张居正病死。死前一月，曾上疏请捐免万历七年以前积欠赋税，以消除岁岁“带征”之弊，获准施行。死后赠上柱国谥文忠，与世宗朝的张璁同一谥号。明代先后两张文忠，均以兴革为己任。张居正的施政范围与年限，都超过了张璁。
二、黄河的治理
张居正任内阁首辅期间，还经办过一件大事，即任命潘季驯治理黄河水患。
一五七八年，黄河在桃源北的崔镇决口，河水北流，宿迁、沛县、清河县、桃源两岸多被冲坏，黄河淤淀，迫使淮河南流，高家堰湖堤被冲决，淮安、扬州两府间的高邮、宝应等地都被水淹没，形成大患。张居正深以为忧。这时，河漕尚书吴桂芳病死，遂荐用刑部侍郎潘季驯为工部侍郎兼右都御史，总理河漕。
乌程人潘季驯，曾在世宗嘉靖四十四年（一五六五年）总理河道。穆宗隆庆四年（一五七○年），黄河在邳州决口，再次受命治河，次年工竣。神宗万历五年（一五七七年）巡抚江西，次年，入刑部。河决为患，朝中议论不一。或主浚海口，或主复故道。潘季驯受命后，与督漕侍郎江一麟去实地观察水势。他认为，故道久湮，虽修浚恢复，深广也不能如今河。应该筑崔镇以塞决口，筑遥堤以防溃决，“淮清河浊，淮弱河强，河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞，当藉淮之清以刷河之浊，筑高堰（高家堰）束淮入清口，以敌河之强，使二水并流，则海口自浚”。（《明史·潘季驯传》）于是上疏提出治河的六条办法：（一）塞决口以挽正河；（二）筑堤防以杜溃决；（三）复闸坝以防外河；（四）创滚水坝以固堤岸；（五）止浚海工程以省糜费；（六）寝开老黄河之议以仍利涉（《神宗实录》卷七六）。六策获准实行，至次年十月修筑工程结束。共筑高家堰堤六十余里，归仁集堤四十余里，柳浦湾堤东西七十余里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千余丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十余里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸于甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑。此次全面治理后，接连数年，河道不再有大患。一五八○年春，潘季驯因功加太子太保，进工部尚书兼左副都御史，同年秋为南京兵部尚书。
潘季驯依据治河的经验，反复研考，写成《河防一览》、《宸断两河大工录》等著作，提出许多有价值的治河理论。他的治河方法以束水攻沙为基本原则，即“缮治堤防，俾无旁决”，从而使水由地中，沙随水去。因为黄河之水“合则流急，急则荡涤而河澡，分则流缓，缓则停滞而沙积”（《明史·河渠志》）。为了贯彻这一原则，潘季驯非常重视河堤的修建。修堤方法有：“缕堤以束其流”，“遥堤以宽其势”，“滚水坝以泄其怒”。缕堤筑于接近河滨的地段，平时用来约束河水，使之奔流于河床之中。洪水到来后，流量太大，河床往往不能容纳，因而须事先离河二三里另外筑堤一道以防洪水侵及陆地，这便是“遥堤”。滚水坝是选择地势低洼而又地基坚实的地段，用石头建成，当洪水涨到一定高度时，洪水会通过减水坝宣泄一部分，贮于低洼地带，以免河床水量过多。由于减水坝由石头做成，因而不会被水冲溃造成灾害。潘季驯对于筑堤的方法也有总结，说：必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜巨费，让远而勿与争地，则堤乃可固。潘季驯的这些理论，是多年的实际经验，考索而得，在当时是难能而可贵的。
三、达赖封贡
张居正任首